JSimModels: VSM.proj

File VSM.proj, 170.2 KB (added by mneal, 11 years ago)
Line 
1<?xml version="1.0"?>
2<JSim version="1.6.74">
3  <project name="proj2">
4    <model name="Vessel_Resist_Ca">
5      <control name="desc" value=""/>
6      <control name="easelVariant" value=""/>
7      <control name="notes">10July2007
8
9Target diameter for arterioles given target resistance, blood viscosity, number of arterioles, and effective arteriolar length = 0.01105472 cm = 100 micrometers.
10
11-mneal</control>
12      <control name="modelSource">JSim v1.1
13import nsrunit;
14unit conversion on;
15math Vessel_Resist_Ca {
16
17
18// GOAL: Simulate L-channel Ca-influx, cytoplasmic Ca buffering and Ca-indicator fluorescence
19//      to understand the effects of Ca-buffering dynamics and buffer diffusion on
20//      sub-membrane fluorescence signals detected by total internal reflectance fluorimetry (TIRF).
21
22//      Extend Ca-influx model to predict vascular resistance as function of cytoplasmic calcium
23//              1) Represent cytoplasmic free-Ca as Ca3
24//              2) make Ca3 a function of time; i.e., Ca3(t)
25//              3) calculate resistance of systemic arteriole: Rarteriole = f(Ca3)
26//                 using very simple relationships between Ca, VSM tension, arteriole geometry and resistance
27//              4) calculate resistance of arterial tree:   RsysArt = f(Rarteriole) using
28//                 simple Kirchoff law for series/parallel resistances
29
30// AUTHOR: Daniel L. Cook, MD, PhD
31//              Department of Physiology &amp; Biophysics,
32//              University of Washington
33//              dcook@u.washington.edu
34//
35//      Developed in collaboration with Luis Fernando Santana, PhD
36//              Department of Physiology &amp; Biophysics,
37//              University of Washington
38//              santana@u.washington.edu
39//
40//      Extended as a use-case for ApplModel development in collaboration with:
41//              Max Neal
42//              Brian Carlson
43//              John Gennari
44
45// METHOD: adapt and simplify the partial differential equation model of Shuai-SPRK055 (2005) to
46//      A set of ordinary differential equations representing:
47//
48//      Geometry
49//              two hemispheric, submembrane cytoplasmic compartments (V1, V2)
50//              and the surrounding cell cytoplasm (V3).
51//              Hemisphere radii (R1, R2) and surface areas (A12, A23)
52//
53//      Cytoplasm contains:
54//              a diffusible Ca buffer (&quot;Buf&quot;, e.g., EGTA, BAPTA)
55//              an immobile Ca-fluorescent indicator (&quot;Flu&quot;; e.g., Fluo??)
56//              free Ca++ (&quot;Ca&quot;) that binds reversibly to buffer and indicator
57//              according to standard chemical kinetic equations (&quot;Kon_&quot;, &quot;Koff&quot;)
58//              User can specify diffusion and kinetic constants.
59//
60//      Ca influx through single L-type Ca channel
61//              represented simply as a uesr-spedified current (&quot;iCa&quot;) in picoamperes (pA)
62//              that opens and closes after a user-specified duration
63
64
65// TERMINOLOGY:
66//      JM-- designates a chemical flux in mole/liter/sec = M*s(-1) for chemical reactions within a compartment
67//      Jm-- designates a chemical flux in mole/sec =       m*s(-1) for transport fluxes between compartments
68
69
70//
71
72// JSim MODEL CODE
73
74        realDomain t sec;       // time
75        t.min=0; t.max=1; t.delta=0.05;
76
77  // DECLARE GEOMETRY VARIABLES /////////
78
79        extern  real R1  um;                            // user-set inner hemisphere radius
80        extern  real R2  um;                            // user-set outer hemisphere radius
81        extern  real Rcell um;                          // user-set cell radius
82        extern  real Lcell um;                          // user-set cell length
83
84                real A12 um^2;                          // hemisphere areas in micrometer^2
85                real A23 um^2;
86
87                A12 = 2 * PI * R1^2;                   
88                A23 = 2 * PI * R2^2;
89                                                       
90                real V1 liter;                          // hemisphere volumes in liters
91                real V2 liter;
92                real V3 liter;                          // total cytoplasmic volume of VSM
93
94                V1 =   R1^3 * 2*PI/3;                   // volume of perichannel space
95                V2 = ( R2^3 - R1^3 ) * 2*PI/3;          // volume of shell around V1
96                V3 =   3* Rcell^2 * PI * Lcell;         // volume of remaining cytoplasm
97
98  // 3-COMPARTMENT CALCIUM FLUX MODEL
99
100        // CALCIUM STATE VARIABLES /////////
101
102                real Ca1(t)     M;                      // IC Ca concentration for volume 1
103                real Ca2(t)     M;                      // IC Ca concentration for volume 2
104                real Ca3(t)     M;                      // IC Ca concentration for volume 3 is fixed
105
106                when (t=t.min) {                        // initialize Ca pools
107                        Ca3 = 5E-8;
108                        Ca2 = 5E-8;
109                        Ca1 = 5E-8;
110                        }
111
112        // TRANSMEMBRANE CALCIUM INFLUX THROUGH L-CHANNEL INTO PERI-CHANNEL SPACE (V1)
113
114        extern  real iCa                ampere;         // single-channel Ca-current; assumed fixed
115                real FCa = 2*96500      coulomb/mole;   // Faraday constant for Ca++
116                real Jm_CaCh(t) mol*s^(-1);             // channel current in moles/sec
117                Jm_CaCh = iCa / FCa;                    // convert Ca ion current to chem flux
118
119
120        // TRANSMEMBRANE Ca-PUMP EFFLUX
121                                                        // Ca efflux from cytoplasmic compartment,
122                                                        // this distributed efflux may be either
123                                                        // transmembrane efflux or ER uptake
124
125        extern  real CaPump_Km          M;              // MM constant for a Ca pump
126                real CaPump_Vmax        mol*s^(-1);     // Vmax for a single Ca pump
127                real Jm_CaPump(t)       mol*s^(-1);     // aggregate Ca chem flow via all pumps
128
129                CaPump_Vmax = iCa / FCa;                // assume one pump Vmax equals a channel Imax
130                                                        // assume pump is activated by single-site, MM mechanism
131                Jm_CaPump = CaPump_Vmax * Ca3 / ( CaPump_Km + Ca3 );
132
133
134        // CALCIUM DIFFUSION FLUX-RATE EQUATIONS FOR A SINGLE CA CHANNEL INTO ITS SURROUNDING SPACES V1, V2
135
136        extern  real DCa                um^2*s^(-1);    // Ca diffusion coeff (200 per Shuai-SPRK055)   
137
138                real Jm_CaDiff12(t)     mol*s^(-1);     // free Ca diffusion from V1 -&gt; V2
139                real Jm_CaDiff23(t)     mol*s^(-1);     // free Ca diffusion from V2 -&gt; V3
140
141                Jm_CaDiff12 = ( DCa * A12 / R1 ) * (Ca1 - Ca2);         // Ca diffusion from V1  -&gt;  V2
142                Jm_CaDiff23 = ( DCa * A23 / (R2 - R1) ) * (Ca2 - Ca3);  // Ca diffusion from V2  -&gt;  V3
143
144
145        // Ca-Buf BUFFERING STATE VARIABLES /////////
146
147        extern  real BufTot     M;                      // user-set total Buf conc in each volume
148        extern  real Kon_Buf    M^(-1)*s^(-1);          // user-set Ca-Buf on-rate
149        extern  real KoffBuf    s^(-1);                 // user-set Ca-Buf off-rate
150
151
152                real Buf1(t)    M;                      // Free Buf concentration for V1
153                real CaBuf1(t)  M;                      // Ca-bound Buf concentration for V1
154
155                real Buf2(t)    M;                      // Free Buf concentration for V2
156                real CaBuf2(t)  M;                      // Ca-bound Buf concentration for V2
157
158                real Buf3(t)    M;                      // Free Buf concentration in V3
159                real CaBuf3(t)  M;                      // Ca-bound Buf concentration in V3
160
161                when (t=t.min) {                        // init Buf &amp; CaBuf concs to s.s. levels
162                                                        // which are the same in V1, V2 and V3
163
164                        Buf3   = 0.0001; //BufTot / ( 1 + Kon_Buf * Ca3(t.min) / KoffBuf );
165                        Buf2   = 0.0001; //Buf3
166                        Buf1   = 0.0001; //Buf3
167
168                        CaBuf3 = 0.0001; //BufTot - Buf3;
169                        CaBuf2 = 0.0001; //CaBuf3
170                        CaBuf1 = 0.0001; //CaBuf3
171                        }
172
173        // Ca-Buf BINDING-RATE EQUATIONS
174
175                real JM_CaBuf1(t) M*s^(-1);             // net rate Ca+Buf-&gt;CaBuf for V1
176                real JM_CaBuf2(t) M*s^(-1);             // net rate Ca+Buf-&gt;CaBuf for V2
177                real JM_CaBuf3(t) M*s^(-1);             // net rate Ca+Buf-&gt;CaBuf for V3
178                                                       
179                JM_CaBuf1 = Ca1*Buf1*Kon_Buf - CaBuf1*KoffBuf;  // rate of CaBuf formation in V1
180                JM_CaBuf2 = Ca2*Buf2*Kon_Buf - CaBuf2*KoffBuf;  // rate of CaBuf formation in V2
181                JM_CaBuf3 = Ca3*Buf3*Kon_Buf - CaBuf3*KoffBuf;  // rate of CaBuf formation in V3
182
183        // Ca-Buf DIFFUSION-RATE EQUATIONS for a single peri-channel space
184
185        extern  real DBuf        um^2*s^(-1);           // Buf diffusion coeff (780 per Kushmerick-SPRK062)     
186                                                        // assume free-Buf and Ca-Buf diffuse similarly
187
188                real Jm_BufDiff12(t) mol*s^(-1);        // Buf diffusion rate from V1-&gt;V2
189                real Jm_BufDiff23(t) mol*s^(-1);        // Buf diffusion rate from V2-&gt;V3
190
191                real Jm_CaBufDiff12(t) mol*s^(-1);      // CaBuf diffusion rate from V1-&gt;V2
192                real Jm_CaBufDiff23(t) mol*s^(-1);      // CaBuf diffusion rate from V2-&gt;V3
193
194                Jm_BufDiff12   = ( DBuf * A12/R1 ) * (Buf1 - Buf2);     // Buf diffusion from V1-&gt;V2
195                Jm_BufDiff23   = ( DBuf * A23/R2 ) * (Buf2 - Buf3);     // Buf diffusion from V2-&gt;V3
196
197                Jm_CaBufDiff12 = ( DBuf * A12/R1 ) * (CaBuf1 - CaBuf2); // CaBuf diffusion from V1-&gt;V2
198                Jm_CaBufDiff23 = ( DBuf * A23/R2 ) * (CaBuf2 - CaBuf3); // CaBuf diffusion from V2-&gt;V3
199
200        // DIFFERENTIAL EQUATIONS FOR MULTIPLE CA CHANNELS AND CA  PUMPS
201
202        extern  real Num_CaChan         dimensionless;  // number open Ca-channels in cell membrane
203        extern  real Num_CaPump         dimensionless;  // num Ca pumps per cell
204
205                Ca1:t    = -JM_CaBuf1 + ( Jm_CaCh - Jm_CaDiff12 ) / V1;                 
206                Ca2:t    = -JM_CaBuf2 + ( Jm_CaDiff12 - Jm_CaDiff23 ) / V2;     
207                Ca3:t    = -JM_CaBuf3 + ( Num_CaChan  * Jm_CaDiff23 - Num_CaPump * Jm_CaPump   ) / V3; 
208
209                Buf1:t   = -JM_CaBuf1 -   Jm_BufDiff12 / V1;                   
210                Buf2:t   = -JM_CaBuf2 + ( Jm_BufDiff12 - Jm_BufDiff23 ) / V2;                   
211                Buf3:t   = -JM_CaBuf3 +   Jm_BufDiff23 / V3;                   
212
213                CaBuf1:t =  JM_CaBuf1 -   Jm_CaBufDiff12 / V1;                 
214                CaBuf2:t =  JM_CaBuf2 + ( Jm_CaBufDiff12 - Jm_CaBufDiff23 ) / V2;               
215                CaBuf3:t =  JM_CaBuf3 +   Jm_CaBufDiff23 / V3;                 
216
217        // CYTOPLASMIC CA (Ca3) CONTROLS ARTERIOLAR RESISTANCE
218
219                real                                    // FIT PARAMETERS
220                KCaA = 0.04586948 1/nM,                 // Steepness parameter - A vs Ca fit
221                Ca50A = 185.4871 nM,                    // Ca at 50% activation - A vs Ca fit
222                C1p = 1.2927 N/m,                       // Passive response strength - T vs D fit
223                C2p = 7.696,                            // Passive response sensitivity - T vs D fit                   
224                Dp100 = 207.2358 um,                    // Reference vessel diameter - T vs D fit
225                C1a = 1.8849 N/m,                       // Active response strength - T vs D fit
226                C2a = 0.9101,                           // Active response position - T vs D fit
227                C3a = 0.3742;                           // Active response width - T vs D fit
228
229                real                                    // OTHER PARAMETERS
230                Partl = 50 mmHg,                        // Input arteriolar pressure
231                mu = 3 cP,                              // Blood viscosity
232                Lartl = 7.65366 cm,                     // Effective arteriole length - BC RegVessel Calcs
233                Nartl = 678836;                         // Effective arteriole number - BC RegVessel Calcs
234
235                real                                    // VARIABLES
236                A(t),                                   // VSM activation
237                D(t) um,                                // Average arteriolar diameter
238                Rsa(t) mmHg*s/L;                        // Total arteriolar compartment resistance
239
240                D &gt;= if (Partl&lt;50) 20 else 50;            // Lower bound on D
241                D &lt;= 250;                            // Upper bound on D
242
243                A = (1 + exp( KCaA*(-1*Ca3 + Ca50A) ))^-1;      // Calculation of VSM Activation from Ca3
244
245                D = (2/Partl) * ( C1p*exp(C2p*((D/Dp100)-1))    // Implicit calculation of D
246                      + A*(C1a*exp(-1*(((D/Dp100)-C2a)/C3a)^2)) );
247
248                Rsa = ((128*mu*Lartl)/(PI*D^4)) *  (1/Nartl);           // Calcuation of compartmental resistance
249
250real test dimensionless;
251
252test = (128*mu*(520ml)/((0.6923076923mmHg*sec/ml)*(PI^2)*((117.7um)^6)*0.25))^0.5;
253real L cm;
254
255L = (520ml)/(PI*0.25*test*(117.7um)^2);
256}
257</control>
258      <control name="sourceType" value="mml"/>
259      <control name="auxName" value=""/>
260      <control name="parSetName" value="SPRK_R1_1.6_10July2007"/>
261      <control name="parSetModified" value="true"/>
262      <control name="built" value="true"/>
263      <control name="customRTML"></control>
264      <control name="customBuilt" value="false"/>
265      <vars name="vars">
266        <function name="iCa_in_gen"/>
267      </vars>
268      <parset name="last">
269        <vars name="vars">
270          <solver name="solver">
271            <control name="ode_which" value="CVode"/>
272            <control name="ode_Dopri5_reltol" value="1E-7"/>
273            <control name="ode_Dopri5_abstol" value="1E-7"/>
274            <control name="ode_Dopri5_nstep" value="100000"/>
275            <control name="ode_Dopri5_stiff" value="1000"/>
276            <control name="ode_Dopri5_round" value="2.3E-16"/>
277            <control name="ode_Dopri5_safety" value="0.9"/>
278            <control name="ode_Dopri5_loselect" value="0.2"/>
279            <control name="ode_Dopri5_hiselect" value="10"/>
280            <control name="ode_Dopri5_beta" value="0.04"/>
281            <control name="ode_Euler_nstep" value="2"/>
282            <control name="ode_Fehlberg_minstep" value="1E-4"/>
283            <control name="ode_Fehlberg_maxstep" value="0.1"/>
284            <control name="ode_Fehlberg_tol" value="1E-6"/>
285            <control name="ode_KM_minstep" value="1E-4"/>
286            <control name="ode_KM_maxstep" value="0.1"/>
287            <control name="ode_KM_tol" value="1E-6"/>
288            <control name="ode_Radau_reltol" value="1E-4"/>
289            <control name="ode_Radau_abstol" value="1E-7"/>
290            <control name="ode_Radau_nstep" value="100000"/>
291            <control name="ode_Radau_round" value="1E-16"/>
292            <control name="ode_Radau_safety" value="0.9"/>
293            <control name="ode_Radau_minord" value="3"/>
294            <control name="ode_Radau_maxord" value="7"/>
295            <control name="ode_Radau_initord" value="3"/>
296            <control name="ode_Radau_newton" value="7"/>
297            <control name="ode_Radau_jacob" value="0.001"/>
298            <control name="ode_Radau_losize" value="1"/>
299            <control name="ode_Radau_hisize" value="1.2"/>
300            <control name="ode_Radau_loselect" value="0.2"/>
301            <control name="ode_Radau_hiselect" value="8"/>
302            <control name="ode_Radau_locontract" value="0.002"/>
303            <control name="ode_Radau_hicontract" value="0.8"/>
304            <control name="ode_Radau_hiorder" value="1.2"/>
305            <control name="ode_Radau_loorder" value="0.8"/>
306            <control name="ode_RK4_nstep" value="2"/>
307            <control name="ode_CVode_reltol" value="1E-7"/>
308            <control name="ode_CVode_abstol" value="1E-8"/>
309            <control name="ode_CVode_maxsteps" value="100000"/>
310            <control name="ode_CVode_stiff" value="false"/>
311            <control name="pde_which" value="LSFEA"/>
312            <control name="pde_MacCormack_FCT" value="false"/>
313            <control name="fzero_unbound" value="ggopt"/>
314            <control name="fzero_bound" value="simplex"/>
315            <control name="fzero_errtol" value="1E-6"/>
316            <control name="fzero_maxcalls" value="500"/>
317            <control name="fzero_maxiters" value="100"/>
318            <control name="fzero_eps" value="1E-6"/>
319            <control name="fzero_istep" value="0.01"/>
320            <control name="fzero_npoints" value="5"/>
321          </solver>
322          <function name="iCa_in_gen" type="funcGen">
323            <control name="desc" value=""/>
324            <control name="which" value="DataCurve"/>
325            <function name="Pulse1" type="Single pulse">
326              <control name="startTime" value="0"/>
327              <control name="duration" value="1"/>
328              <control name="amplitude" value="1"/>
329              <control name="offset" value="0"/>
330              <control name="timeToRepeat" value="10"/>
331            </function>
332            <function name="Pulse2" type="Double pulse">
333              <control name="p1Start" value="0"/>
334              <control name="p1Duration" value="1"/>
335              <control name="p1Amplitude" value="1"/>
336              <control name="offset" value="0"/>
337              <control name="p1TimeToRepeat" value="10"/>
338              <control name="p2Start" value="1"/>
339              <control name="p2Duration" value="2"/>
340              <control name="p2Amplitude" value="2"/>
341              <control name="p2TimeToRepeat" value="0"/>
342            </function>
343            <function name="Pulse3" type="Triple pulse">
344              <control name="p1Start" value="0"/>
345              <control name="p1Duration" value="1"/>
346              <control name="p1Amplitude" value="1"/>
347              <control name="offset" value="0"/>
348              <control name="p1TimeToRepeat" value="10"/>
349              <control name="p2Start" value="1"/>
350              <control name="p2Duration" value="2"/>
351              <control name="p2Amplitude" value="2"/>
352              <control name="p2TimeToRepeat" value="0"/>
353              <control name="p3Start" value="3"/>
354              <control name="p3Duration" value="3"/>
355              <control name="p3Amplitude" value="3"/>
356              <control name="p3TimeToRepeat" value="0"/>
357            </function>
358            <function name="ExtendedPulse3" type="Extended Triple pulse">
359              <control name="offset" value="0"/>
360              <control name="timeToRepeat" value="3"/>
361              <control name="p1Start" value="0"/>
362              <control name="p1Duration" value="0.5"/>
363              <control name="p1Amplitude" value="1"/>
364              <control name="p1LoopCnt" value="1"/>
365              <control name="p1AmpIncr" value="0"/>
366              <control name="p2Start" value="1"/>
367              <control name="p2Duration" value="0.5"/>
368              <control name="p2Amplitude" value="2"/>
369              <control name="p2LoopCnt" value="3"/>
370              <control name="p2AmpIncr" value="0.5"/>
371              <control name="p3Start" value="2"/>
372              <control name="p3Duration" value="0.5"/>
373              <control name="p3Amplitude" value="3"/>
374              <control name="p3LoopCnt" value="0"/>
375              <control name="p3AmpIncr" value="0"/>
376            </function>
377            <function name="Ramp" type="Ramp">
378              <control name="startTime" value="1"/>
379              <control name="duration" value="5"/>
380              <control name="amplitude" value="-1"/>
381              <control name="offset" value="1"/>
382              <control name="exponent" value="3"/>
383              <control name="timeToRepeat" value="10"/>
384            </function>
385            <function name="SquareWaveTrain" type="Square-wave Train">
386              <control name="startTime" value="0"/>
387              <control name="duration" value="10"/>
388              <control name="amplitude" value="1"/>
389              <control name="offset" value="0"/>
390              <control name="shapeFactor" value="0.5"/>
391              <control name="phase" value="0"/>
392              <control name="period" value="5"/>
393              <control name="timeToRepeat" value="0"/>
394            </function>
395            <function name="SawtoothTrain" type="Sawtooth Train">
396              <control name="startTime" value="0"/>
397              <control name="duration" value="10"/>
398              <control name="amplitude" value="1"/>
399              <control name="offset" value="0"/>
400              <control name="shapeFactor" value="0.5"/>
401              <control name="phase" value="0"/>
402              <control name="period" value="5"/>
403              <control name="timeToRepeat" value="0"/>
404            </function>
405            <function name="SineTrain" type="Sine Train">
406              <control name="startTime" value="0"/>
407              <control name="duration" value="5"/>
408              <control name="amplitude" value="1"/>
409              <control name="offset" value="0"/>
410              <control name="phase" value="0"/>
411              <control name="period" value="5"/>
412              <control name="timeToRepeat" value="10"/>
413            </function>
414            <function name="Exponential" type="Exponential">
415              <control name="area" value="1"/>
416              <control name="tMean" value="5"/>
417              <control name="RD" value="0.3"/>
418              <control name="frPeak" value="1E-6"/>
419              <control name="timeToRepeat" value="0"/>
420            </function>
421            <function name="Gaussian" type="Gaussian">
422              <control name="area" value="1"/>
423              <control name="tMean" value="5"/>
424              <control name="RD" value="0.3"/>
425              <control name="frPeak" value="1E-6"/>
426              <control name="timeToRepeat" value="0"/>
427            </function>
428            <function name="LagNormal" type="Lagged Normal Density">
429              <control name="area" value="1"/>
430              <control name="tMean" value="5"/>
431              <control name="RD" value="0.3"/>
432              <control name="skewn" value="1.3"/>
433              <control name="frPeak" value="1E-6"/>
434              <control name="upslope" value="Regular"/>
435              <control name="timeToRepeat" value="0"/>
436            </function>
437            <function name="Longtail" type="Longtail">
438              <control name="area" value="1"/>
439              <control name="frArea" value="0.3"/>
440              <control name="tMean" value="5"/>
441              <control name="RD" value="0.3"/>
442              <control name="skewn" value="1.3"/>
443              <control name="frPeak" value="0.1"/>
444              <control name="upslope" value="Regular"/>
445              <control name="nexp" value="3"/>
446              <control name="rk1" value="1"/>
447              <control name="rk2" value="0.2"/>
448              <control name="rk3" value="0.04"/>
449              <control name="rk4" value="0.008"/>
450              <control name="scaleta" value="1"/>
451              <control name="timeToRepeat" value="0"/>
452            </function>
453            <function name="GammaVar" type="Gamma Variate">
454              <control name="area" value="1"/>
455              <control name="tMean" value="5"/>
456              <control name="RD" value="0.3"/>
457              <control name="skewn" value="1.3"/>
458              <control name="frPeak" value="1E-6"/>
459              <control name="timeToRepeat" value="0"/>
460            </function>
461            <function name="Poisson" type="Poisson-like">
462              <control name="area" value="1"/>
463              <control name="tMean" value="5"/>
464              <control name="RD" value="0.3"/>
465              <control name="frPeak" value="1E-6"/>
466              <control name="timeToRepeat" value="0"/>
467            </function>
468            <function name="RandomWalk" type="Random Walk">
469              <control name="area" value="1"/>
470              <control name="tMean" value="5"/>
471              <control name="RD" value="0.3"/>
472              <control name="skewn" value="1"/>
473              <control name="frPeak" value="1E-6"/>
474              <control name="timeToRepeat" value="0"/>
475            </function>
476            <function name="DataCurve" type="Data">
477              <control name="ndim" value="1"/>
478              <control name="dataSet" value=""/>
479              <control name="name" value="iCa_driver"/>
480            </function>
481            <control name="domain0" value="t"/>
482            <control name="domain1" value=""/>
483            <control name="domain2" value=""/>
484          </function>
485          <assign name="vars">
486            <control name="t.min" value="0"/>
487            <control name="t.max" value="1000"/>
488            <control name="t.delta" value="0.02"/>
489            <control name="R1" value="1"/>
490            <control name="R2" value="2"/>
491            <control name="Rcell" value="5"/>
492            <control name="Lcell" value="20"/>
493            <control name="iCa" value="5E-12"/>
494            <control name="FCa" value="193000"/>
495            <control name="CaPump_Km" value="4.8E-8"/>
496            <control name="DCa" value="200"/>
497            <control name="BufTot" value="0.01"/>
498            <control name="Kon_Buf" value="5E6"/>
499            <control name="KoffBuf" value="1"/>
500            <control name="DBuf" value="0.1"/>
501            <control name="Num_CaChan" value="10"/>
502            <control name="Num_CaPump" value="10"/>
503            <control name="KCaA" value="0.04596472"/>
504            <control name="Ca50A" value="185.46784808"/>
505            <control name="C1p" value="1.2927"/>
506            <control name="C2p" value="7.696"/>
507            <control name="Dp100" value="207.2358"/>
508            <control name="C1a" value="1.8849"/>
509            <control name="C2a" value="0.9101"/>
510            <control name="C3a" value="0.3742"/>
511            <control name="Partl" value="57.5"/>
512            <control name="mu" value="3"/>
513            <control name="Lartl" value="8.32127785"/>
514            <control name="Nartl" value="574341.92"/>
515            <control name="Ca1__init" value="7.2959472E-5"/>
516            <control name="Ca2__init" value="5.2137586E-5"/>
517            <control name="Ca3__init" value="4.6932267E-5"/>
518            <control name="Buf1__init" value="5.4693014E-7"/>
519            <control name="CaBuf1__init" value="1.9945307E-4"/>
520            <control name="Buf2__init" value="7.6426415E-7"/>
521            <control name="CaBuf2__init" value="1.9923574E-4"/>
522            <control name="Buf3__init" value="8.4867949E-7"/>
523            <control name="CaBuf3__init" value="1.9915132E-4"/>
524          </assign>
525        </vars>
526        <control name="desc" value=""/>
527        <control name="notes"></control>
528      </parset>
529      <imageset name="images"/>
530      <loops name="loops">
531        <loop name="outer">
532          <control name="mode" value="auto"/>
533          <control name="ntimes" value="3"/>
534          <control name="npars" value="2"/>
535          <looppar name="looppar0">
536            <control name="par" value="CaPump_Km"/>
537            <control name="values" value="5.4E-8, 4E-8, 2E-8"/>
538            <control name="enabled" value="true"/>
539          </looppar>
540          <looppar name="looppar1">
541            <control name="par" value=""/>
542            <control name="values" value=""/>
543            <control name="enabled" value="true"/>
544          </looppar>
545        </loop>
546        <loop name="inner">
547          <control name="mode" value="off"/>
548          <control name="ntimes" value="3"/>
549          <control name="npars" value="1"/>
550          <looppar name="looppar0">
551            <control name="par" value=""/>
552            <control name="values" value=""/>
553            <control name="enabled" value="false"/>
554          </looppar>
555        </loop>
556      </loops>
557      <sens name="sens">
558        <control name="npars" value="1"/>
559        <senspar name="senspar0">
560          <control name="par" value=" "/>
561          <control name="delta" value="0.01"/>
562          <control name="enabled" value="false"/>
563        </senspar>
564      </sens>
565      <optim name="optim">
566        <control name="npars" value="2"/>
567        <control name="nmatches" value="1"/>
568        <control name="alg" value="simplex"/>
569        <control name="maxCalls" value="50"/>
570        <control name="maxIters" value="10"/>
571        <control name="errTol" value="0.001"/>
572        <control name="stepTol" value="1E-6"/>
573        <control name="gradTol" value="1E-6"/>
574        <control name="npoints" value="5"/>
575        <control name="eps" value="1E-6"/>
576        <optpar name="optpar0">
577          <control name="par" value="CaPump_Km"/>
578          <control name="min" value="1E-8"/>
579          <control name="max" value="1E-7"/>
580          <control name="step" value="1E-8"/>
581          <control name="enabled" value="true"/>
582        </optpar>
583        <optmatch name="optmatch0">
584          <control name="src" value=""/>
585          <control name="data" value=""/>
586          <control name="expr" value=""/>
587          <control name="pointWgts" value="1"/>
588          <control name="step" value="1"/>
589          <control name="enabled" value="true"/>
590        </optmatch>
591        <optpar name="optpar1">
592          <control name="par" value=""/>
593          <control name="min" value="NaN"/>
594          <control name="max" value="NaN"/>
595          <control name="step" value="0.01"/>
596          <control name="enabled" value="true"/>
597        </optpar>
598      </optim>
599      <rtml name="rtml"/>
600    </model>
601    <dataset coding="ascii" name="iCa_driver" precision="19" version="1.6.74">
602      <control name="desc" value=""/>
603      <control name="notes"></control>
604      <control name="origFile" value="/Users/dcook/Documents/Dan stuff/aPRO/Current/CaSparks/SPRK Models/SPRK04_driver/iCa_driver.cdata"/>
605      <control name="encoding" value="ascii"/>
606      <control name="filterType" value="crop"/>
607      <control name="filterDim" value="0"/>
608      <control name="filterMin" value="0"/>
609      <control name="filterMax" value="100"/>
610      <control name="filterDelta" value="0.1"/>
611    </dataset>
612    <parset name="SPRK_R1_1.6">
613      <vars name="vars">
614
615
616
617
618
619                                                                                                                        <solver name="solver">
620
621
622
623
624
625                                                                                                                                                      <control name="ode_which" value="Auto"/>
626
627
628
629
630
631
632
633
634
635
636
637
638
639
640                                                                                                                                                      <control name="ode_Dopri5_reltol" value="1E-7"/>
641
642
643
644
645
646
647
648
649
650
651
652
653
654
655                                                                                                                                                      <control name="ode_Dopri5_abstol" value="1E-7"/>
656
657
658
659
660
661
662
663
664
665
666
667
668
669
670                                                                                                                                                      <control name="ode_Dopri5_nstep" value="100000"/>
671
672
673
674
675
676
677
678
679
680
681
682
683
684
685                                                                                                                                                      <control name="ode_Dopri5_stiff" value="1000"/>
686
687
688
689
690
691
692
693
694
695
696
697
698
699
700                                                                                                                                                      <control name="ode_Dopri5_round" value="2.3E-16"/>
701
702
703
704
705
706
707
708
709
710
711
712
713
714
715                                                                                                                                                      <control name="ode_Dopri5_safety" value="0.9"/>
716
717
718
719
720
721
722
723
724
725
726
727
728
729
730                                                                                                                                                      <control name="ode_Dopri5_loselect" value="0.2"/>
731
732
733
734
735
736
737
738
739
740
741
742
743
744
745                                                                                                                                                      <control name="ode_Dopri5_hiselect" value="10"/>
746
747
748
749
750
751
752
753
754
755
756
757
758
759
760                                                                                                                                                      <control name="ode_Dopri5_beta" value="0.04"/>
761
762
763
764
765
766
767
768
769
770
771
772
773
774
775                                                                                                                                                      <control name="ode_Euler_nstep" value="2"/>
776
777
778
779
780
781
782
783
784
785
786
787
788
789
790                                                                                                                                                      <control name="ode_Fehlberg_minstep" value="1E-4"/>
791
792
793
794
795
796
797
798
799
800
801
802
803
804
805                                                                                                                                                      <control name="ode_Fehlberg_maxstep" value="0.1"/>
806
807
808
809
810
811
812
813
814
815
816
817
818
819
820                                                                                                                                                      <control name="ode_Fehlberg_tol" value="1E-6"/>
821
822
823
824
825
826
827
828
829
830
831
832
833
834
835                                                                                                                                                      <control name="ode_KM_minstep" value="1E-4"/>
836
837
838
839
840
841
842
843
844
845
846
847
848
849
850                                                                                                                                                      <control name="ode_KM_maxstep" value="0.1"/>
851
852
853
854
855
856
857
858
859
860
861
862
863
864
865                                                                                                                                                      <control name="ode_KM_tol" value="1E-6"/>
866
867
868
869
870
871
872
873
874
875
876
877
878
879
880                                                                                                                                                      <control name="ode_Radau_reltol" value="1E-4"/>
881
882
883
884
885
886
887
888
889
890
891
892
893
894
895                                                                                                                                                      <control name="ode_Radau_abstol" value="1E-7"/>
896
897
898
899
900
901
902
903
904
905
906
907
908
909
910                                                                                                                                                      <control name="ode_Radau_nstep" value="100000"/>
911
912
913
914
915
916
917
918
919
920
921
922
923
924
925                                                                                                                                                      <control name="ode_Radau_round" value="1E-16"/>
926
927
928
929
930
931
932
933
934
935
936
937
938
939
940                                                                                                                                                      <control name="ode_Radau_safety" value="0.9"/>
941
942
943
944
945
946
947
948
949
950
951
952
953
954
955                                                                                                                                                      <control name="ode_Radau_minord" value="3"/>
956
957
958
959
960
961
962
963
964
965
966
967
968
969
970                                                                                                                                                      <control name="ode_Radau_maxord" value="7"/>
971
972
973
974
975
976
977
978
979
980
981
982
983
984
985                                                                                                                                                      <control name="ode_Radau_initord" value="3"/>
986
987
988
989
990
991
992
993
994
995
996
997
998
999
1000                                                                                                                                                      <control name="ode_Radau_newton" value="7"/>
1001
1002
1003
1004
1005
1006
1007
1008
1009
1010
1011
1012
1013
1014
1015                                                                                                                                                      <control name="ode_Radau_jacob" value="0.001"/>
1016
1017
1018
1019
1020
1021
1022
1023
1024
1025
1026
1027
1028
1029
1030                                                                                                                                                      <control name="ode_Radau_losize" value="1"/>
1031
1032
1033
1034
1035
1036
1037
1038
1039
1040
1041
1042
1043
1044
1045                                                                                                                                                      <control name="ode_Radau_hisize" value="1.2"/>
1046
1047
1048
1049
1050
1051
1052
1053
1054
1055
1056
1057
1058
1059
1060                                                                                                                                                      <control name="ode_Radau_loselect" value="0.2"/>
1061
1062
1063
1064
1065
1066
1067
1068
1069
1070
1071
1072
1073
1074
1075                                                                                                                                                      <control name="ode_Radau_hiselect" value="8"/>
1076
1077
1078
1079
1080
1081
1082
1083
1084
1085
1086
1087
1088
1089
1090                                                                                                                                                      <control name="ode_Radau_locontract" value="0.002"/>
1091
1092
1093
1094
1095
1096
1097
1098
1099
1100
1101
1102
1103
1104
1105                                                                                                                                                      <control name="ode_Radau_hicontract" value="0.8"/>
1106
1107
1108
1109
1110
1111
1112
1113
1114
1115
1116
1117
1118
1119
1120                                                                                                                                                      <control name="ode_Radau_hiorder" value="1.2"/>
1121
1122
1123
1124
1125
1126
1127
1128
1129
1130
1131
1132
1133
1134
1135                                                                                                                                                      <control name="ode_Radau_loorder" value="0.8"/>
1136
1137
1138
1139
1140
1141
1142
1143
1144
1145
1146
1147
1148
1149
1150                                                                                                                                                      <control name="ode_RK4_nstep" value="2"/>
1151
1152
1153
1154
1155
1156
1157
1158
1159
1160
1161
1162
1163
1164
1165                                                                                                                                                      <control name="ode_CVode_reltol" value="1E-7"/>
1166
1167
1168
1169
1170
1171
1172
1173
1174
1175
1176
1177
1178
1179
1180                                                                                                                                                      <control name="ode_CVode_abstol" value="1E-8"/>
1181
1182
1183
1184
1185
1186
1187
1188
1189
1190
1191
1192
1193
1194
1195                                                                                                                                                      <control name="ode_CVode_maxsteps" value="100000"/>
1196
1197
1198
1199
1200
1201
1202
1203
1204
1205
1206
1207
1208
1209
1210                                                                                                                                                      <control name="ode_CVode_stiff" value="false"/>
1211
1212
1213
1214
1215
1216
1217
1218
1219
1220
1221
1222
1223
1224
1225                                                                                                                                                      <control name="pde_which" value="LSFEA"/>
1226
1227
1228
1229
1230
1231
1232
1233
1234
1235
1236
1237
1238
1239
1240                                                                                                                                                      <control name="pde_Toms690_order" value="3"/>
1241
1242
1243
1244
1245
1246
1247
1248
1249
1250
1251
1252
1253
1254
1255                                                                                                                                                      <control name="pde_MacCormack_FCT" value="false"/>
1256
1257
1258
1259
1260
1261
1262
1263
1264
1265
1266
1267
1268
1269
1270                                                                                                                                                      <control name="fzero_unbound" value="ggopt"/>
1271
1272
1273
1274
1275
1276
1277
1278
1279
1280
1281
1282
1283
1284
1285                                                                                                                                                      <control name="fzero_bound" value="simplex"/>
1286
1287
1288
1289
1290
1291
1292
1293
1294
1295
1296
1297
1298
1299
1300                                                                                                                                                      <control name="fzero_errtol" value="1E-6"/>
1301
1302
1303
1304
1305
1306
1307
1308
1309
1310
1311
1312
1313
1314
1315                                                                                                                                                      <control name="fzero_maxcalls" value="500"/>
1316
1317
1318
1319
1320
1321
1322
1323
1324
1325
1326
1327
1328
1329
1330                                                                                                                                                      <control name="fzero_maxiters" value="100"/>
1331
1332
1333
1334
1335
1336
1337
1338
1339
1340
1341
1342
1343
1344
1345                                                                                                                                                      <control name="fzero_eps" value="1E-6"/>
1346
1347
1348
1349
1350
1351
1352
1353
1354
1355
1356
1357
1358
1359
1360                                                                                                                                                      <control name="fzero_istep" value="0.01"/>
1361
1362
1363
1364
1365
1366
1367
1368
1369
1370
1371
1372
1373
1374
1375        </solver>
1376
1377
1378
1379
1380
1381
1382
1383
1384
1385
1386
1387
1388
1389
1390                                                                                                                        <function name="iCa_in_gen" type="funcGen">
1391
1392
1393
1394
1395
1396                                                                                                                                                      <control name="desc" value=""/>
1397
1398
1399
1400
1401
1402
1403
1404
1405
1406
1407
1408
1409
1410
1411                                                                                                                                                      <control name="which" value="DataCurve"/>
1412
1413
1414
1415
1416
1417
1418
1419
1420
1421
1422
1423
1424
1425
1426                                                                                                                                                      <function name="Pulse1" type="Single pulse">
1427
1428
1429
1430
1431
1432                                                                                                                                                                                    <control name="startTime" value="0"/>
1433
1434
1435
1436
1437
1438
1439
1440
1441
1442
1443
1444
1445
1446
1447                                                                                                                                                                                    <control name="duration" value="1"/>
1448
1449
1450
1451
1452
1453
1454
1455
1456
1457
1458
1459
1460
1461
1462                                                                                                                                                                                    <control name="amplitude" value="1"/>
1463
1464
1465
1466
1467
1468
1469
1470
1471
1472
1473
1474
1475
1476
1477                                                                                                                                                                                    <control name="offset" value="0"/>
1478
1479
1480
1481
1482
1483
1484
1485
1486
1487
1488
1489
1490
1491
1492                                                                                                                                                                                    <control name="timeToRepeat" value="10"/>
1493
1494
1495
1496
1497
1498
1499
1500
1501
1502
1503
1504
1505
1506
1507          </function>
1508
1509
1510
1511
1512
1513
1514
1515
1516
1517
1518
1519
1520
1521
1522                                                                                                                                                      <function name="Pulse2" type="Double pulse">
1523
1524
1525
1526
1527
1528                                                                                                                                                                                    <control name="p1Start" value="0"/>
1529
1530
1531
1532
1533
1534
1535
1536
1537
1538
1539
1540
1541
1542
1543                                                                                                                                                                                    <control name="p1Duration" value="1"/>
1544
1545
1546
1547
1548
1549
1550
1551
1552
1553
1554
1555
1556
1557
1558                                                                                                                                                                                    <control name="p1Amplitude" value="1"/>
1559
1560
1561
1562
1563
1564
1565
1566
1567
1568
1569
1570
1571
1572
1573                                                                                                                                                                                    <control name="offset" value="0"/>
1574
1575
1576
1577
1578
1579
1580
1581
1582
1583
1584
1585
1586
1587
1588                                                                                                                                                                                    <control name="p1TimeToRepeat" value="10"/>
1589
1590
1591
1592
1593
1594
1595
1596
1597
1598
1599
1600
1601
1602
1603                                                                                                                                                                                    <control name="p2Start" value="1"/>
1604
1605
1606
1607
1608
1609
1610
1611
1612
1613
1614
1615
1616
1617
1618                                                                                                                                                                                    <control name="p2Duration" value="2"/>
1619
1620
1621
1622
1623
1624
1625
1626
1627
1628
1629
1630
1631
1632
1633                                                                                                                                                                                    <control name="p2Amplitude" value="2"/>
1634
1635
1636
1637
1638
1639
1640
1641
1642
1643
1644
1645
1646
1647
1648                                                                                                                                                                                    <control name="p2TimeToRepeat" value="0"/>
1649
1650
1651
1652
1653
1654
1655
1656
1657
1658
1659
1660
1661
1662
1663          </function>
1664
1665
1666
1667
1668
1669
1670
1671
1672
1673
1674
1675
1676
1677
1678                                                                                                                                                      <function name="Pulse3" type="Triple pulse">
1679
1680
1681
1682
1683
1684                                                                                                                                                                                    <control name="p1Start" value="0"/>
1685
1686
1687
1688
1689
1690
1691
1692
1693
1694
1695
1696
1697
1698
1699                                                                                                                                                                                    <control name="p1Duration" value="1"/>
1700
1701
1702
1703
1704
1705
1706
1707
1708
1709
1710
1711
1712
1713
1714                                                                                                                                                                                    <control name="p1Amplitude" value="1"/>
1715
1716
1717
1718
1719
1720
1721
1722
1723
1724
1725
1726
1727
1728
1729                                                                                                                                                                                    <control name="offset" value="0"/>
1730
1731
1732
1733
1734
1735
1736
1737
1738
1739
1740
1741
1742
1743
1744                                                                                                                                                                                    <control name="p1TimeToRepeat" value="10"/>
1745
1746
1747
1748
1749
1750
1751
1752
1753
1754
1755
1756
1757
1758
1759                                                                                                                                                                                    <control name="p2Start" value="1"/>
1760
1761
1762
1763
1764
1765
1766
1767
1768
1769
1770
1771
1772
1773
1774                                                                                                                                                                                    <control name="p2Duration" value="2"/>
1775
1776
1777
1778
1779
1780
1781
1782
1783
1784
1785
1786
1787
1788
1789                                                                                                                                                                                    <control name="p2Amplitude" value="2"/>
1790
1791
1792
1793
1794
1795
1796
1797
1798
1799
1800
1801
1802
1803
1804                                                                                                                                                                                    <control name="p2TimeToRepeat" value="0"/>
1805
1806
1807
1808
1809
1810
1811
1812
1813
1814
1815
1816
1817
1818
1819                                                                                                                                                                                    <control name="p3Start" value="3"/>
1820
1821
1822
1823
1824
1825
1826
1827
1828
1829
1830
1831
1832
1833
1834                                                                                                                                                                                    <control name="p3Duration" value="3"/>
1835
1836
1837
1838
1839
1840
1841
1842
1843
1844
1845
1846
1847
1848
1849                                                                                                                                                                                    <control name="p3Amplitude" value="3"/>
1850
1851
1852
1853
1854
1855
1856
1857
1858
1859
1860
1861
1862
1863
1864                                                                                                                                                                                    <control name="p3TimeToRepeat" value="0"/>
1865
1866
1867
1868
1869
1870
1871
1872
1873
1874
1875
1876
1877
1878
1879          </function>
1880
1881
1882
1883
1884
1885
1886
1887
1888
1889
1890
1891
1892
1893
1894                                                                                                                                                      <function name="ExtendedPulse3" type="Extended Triple pulse">
1895
1896
1897
1898
1899
1900                                                                                                                                                                                    <control name="offset" value="0"/>
1901
1902
1903
1904
1905
1906
1907
1908
1909
1910
1911
1912
1913
1914
1915                                                                                                                                                                                    <control name="timeToRepeat" value="3"/>
1916
1917
1918
1919
1920
1921
1922
1923
1924
1925
1926
1927
1928
1929
1930                                                                                                                                                                                    <control name="p1Start" value="0"/>
1931
1932
1933
1934
1935
1936
1937
1938
1939
1940
1941
1942
1943
1944
1945                                                                                                                                                                                    <control name="p1Duration" value="0.5"/>
1946
1947
1948
1949
1950
1951
1952
1953
1954
1955
1956
1957
1958
1959
1960                                                                                                                                                                                    <control name="p1Amplitude" value="1"/>
1961
1962
1963
1964
1965
1966
1967
1968
1969
1970
1971
1972
1973
1974
1975                                                                                                                                                                                    <control name="p1LoopCnt" value="1"/>
1976
1977
1978
1979
1980
1981
1982
1983
1984
1985
1986
1987
1988
1989
1990                                                                                                                                                                                    <control name="p1AmpIncr" value="0"/>
1991
1992
1993
1994
1995
1996
1997
1998
1999
2000
2001
2002
2003
2004
2005                                                                                                                                                                                    <control name="p2Start" value="1"/>
2006
2007
2008
2009
2010
2011
2012
2013
2014
2015
2016
2017
2018
2019
2020                                                                                                                                                                                    <control name="p2Duration" value="0.5"/>
2021
2022
2023
2024
2025
2026
2027
2028
2029
2030
2031
2032
2033
2034
2035                                                                                                                                                                                    <control name="p2Amplitude" value="2"/>
2036
2037
2038
2039
2040
2041
2042
2043
2044
2045
2046
2047
2048
2049
2050                                                                                                                                                                                    <control name="p2LoopCnt" value="3"/>
2051
2052
2053
2054
2055
2056
2057
2058
2059
2060
2061
2062
2063
2064
2065                                                                                                                                                                                    <control name="p2AmpIncr" value="0.5"/>
2066
2067
2068
2069
2070
2071
2072
2073
2074
2075
2076
2077
2078
2079
2080                                                                                                                                                                                    <control name="p3Start" value="2"/>
2081
2082
2083
2084
2085
2086
2087
2088
2089
2090
2091
2092
2093
2094
2095                                                                                                                                                                                    <control name="p3Duration" value="0.5"/>
2096
2097
2098
2099
2100
2101
2102
2103
2104
2105
2106
2107
2108
2109
2110                                                                                                                                                                                    <control name="p3Amplitude" value="3"/>
2111
2112
2113
2114
2115
2116
2117
2118
2119
2120
2121
2122
2123
2124
2125                                                                                                                                                                                    <control name="p3LoopCnt" value="0"/>
2126
2127
2128
2129
2130
2131
2132
2133
2134
2135
2136
2137
2138
2139
2140                                                                                                                                                                                    <control name="p3AmpIncr" value="0"/>
2141
2142
2143
2144
2145
2146
2147
2148
2149
2150
2151
2152
2153
2154
2155          </function>
2156
2157
2158
2159
2160
2161
2162
2163
2164
2165
2166
2167
2168
2169
2170                                                                                                                                                      <function name="Ramp" type="Ramp">
2171
2172
2173
2174
2175
2176                                                                                                                                                                                    <control name="startTime" value="1"/>
2177
2178
2179
2180
2181
2182
2183
2184
2185
2186
2187
2188
2189
2190
2191                                                                                                                                                                                    <control name="duration" value="5"/>
2192
2193
2194
2195
2196
2197
2198
2199
2200
2201
2202
2203
2204
2205
2206                                                                                                                                                                                    <control name="amplitude" value="-1"/>
2207
2208
2209
2210
2211
2212
2213
2214
2215
2216
2217
2218
2219
2220
2221                                                                                                                                                                                    <control name="offset" value="1"/>
2222
2223
2224
2225
2226
2227
2228
2229
2230
2231
2232
2233
2234
2235
2236                                                                                                                                                                                    <control name="exponent" value="3"/>
2237
2238
2239
2240
2241
2242
2243
2244
2245
2246
2247
2248
2249
2250
2251                                                                                                                                                                                    <control name="timeToRepeat" value="10"/>
2252
2253
2254
2255
2256
2257
2258
2259
2260
2261
2262
2263
2264
2265
2266          </function>
2267
2268
2269
2270
2271
2272
2273
2274
2275
2276
2277
2278
2279
2280
2281                                                                                                                                                      <function name="SquareWaveTrain" type="Square-wave Train">
2282
2283
2284
2285
2286
2287                                                                                                                                                                                    <control name="startTime" value="0"/>
2288
2289
2290
2291
2292
2293
2294
2295
2296
2297
2298
2299
2300
2301
2302                                                                                                                                                                                    <control name="duration" value="10"/>
2303
2304
2305
2306
2307
2308
2309
2310
2311
2312
2313
2314
2315
2316
2317                                                                                                                                                                                    <control name="amplitude" value="1"/>
2318
2319
2320
2321
2322
2323
2324
2325
2326
2327
2328
2329
2330
2331
2332                                                                                                                                                                                    <control name="offset" value="0"/>
2333
2334
2335
2336
2337
2338
2339
2340
2341
2342
2343
2344
2345
2346
2347                                                                                                                                                                                    <control name="shapeFactor" value="0.5"/>
2348
2349
2350
2351
2352
2353
2354
2355
2356
2357
2358
2359
2360
2361
2362                                                                                                                                                                                    <control name="phase" value="0"/>
2363
2364
2365
2366
2367
2368
2369
2370
2371
2372
2373
2374
2375
2376
2377                                                                                                                                                                                    <control name="period" value="5"/>
2378
2379
2380
2381
2382
2383
2384
2385
2386
2387
2388
2389
2390
2391
2392                                                                                                                                                                                    <control name="timeToRepeat" value="0"/>
2393
2394
2395
2396
2397
2398
2399
2400
2401
2402
2403
2404
2405
2406
2407          </function>
2408
2409
2410
2411
2412
2413
2414
2415
2416
2417
2418
2419
2420
2421
2422                                                                                                                                                      <function name="SawtoothTrain" type="Sawtooth Train">
2423
2424
2425
2426
2427
2428                                                                                                                                                                                    <control name="startTime" value="0"/>
2429
2430
2431
2432
2433
2434
2435
2436
2437
2438
2439
2440
2441
2442
2443                                                                                                                                                                                    <control name="duration" value="10"/>
2444
2445
2446
2447
2448
2449
2450
2451
2452
2453
2454
2455
2456
2457
2458                                                                                                                                                                                    <control name="amplitude" value="1"/>
2459
2460
2461
2462
2463
2464
2465
2466
2467
2468
2469
2470
2471
2472
2473                                                                                                                                                                                    <control name="offset" value="0"/>
2474
2475
2476
2477
2478
2479
2480
2481
2482
2483
2484
2485
2486
2487
2488                                                                                                                                                                                    <control name="shapeFactor" value="0.5"/>
2489
2490
2491
2492
2493
2494
2495
2496
2497
2498
2499
2500
2501
2502
2503                                                                                                                                                                                    <control name="phase" value="0"/>
2504
2505
2506
2507
2508
2509
2510
2511
2512
2513
2514
2515
2516
2517
2518                                                                                                                                                                                    <control name="period" value="5"/>
2519
2520
2521
2522
2523
2524
2525
2526
2527
2528
2529
2530
2531
2532
2533                                                                                                                                                                                    <control name="timeToRepeat" value="0"/>
2534
2535
2536
2537
2538
2539
2540
2541
2542
2543
2544
2545
2546
2547
2548          </function>
2549
2550
2551
2552
2553
2554
2555
2556
2557
2558
2559
2560
2561
2562
2563                                                                                                                                                      <function name="SineTrain" type="Sine Train">
2564
2565
2566
2567
2568
2569                                                                                                                                                                                    <control name="startTime" value="0"/>
2570
2571
2572
2573
2574
2575
2576
2577
2578
2579
2580
2581
2582
2583
2584                                                                                                                                                                                    <control name="duration" value="5"/>
2585
2586
2587
2588
2589
2590
2591
2592
2593
2594
2595
2596
2597
2598
2599                                                                                                                                                                                    <control name="amplitude" value="1"/>
2600
2601
2602
2603
2604
2605
2606
2607
2608
2609
2610
2611
2612
2613
2614                                                                                                                                                                                    <control name="offset" value="0"/>
2615
2616
2617
2618
2619
2620
2621
2622
2623
2624
2625
2626
2627
2628
2629                                                                                                                                                                                    <control name="phase" value="0"/>
2630
2631
2632
2633
2634
2635
2636
2637
2638
2639
2640
2641
2642
2643
2644                                                                                                                                                                                    <control name="period" value="5"/>
2645
2646
2647
2648
2649
2650
2651
2652
2653
2654
2655
2656
2657
2658
2659                                                                                                                                                                                    <control name="timeToRepeat" value="10"/>
2660
2661
2662
2663
2664
2665
2666
2667
2668
2669
2670
2671
2672
2673
2674          </function>
2675
2676
2677
2678
2679
2680
2681
2682
2683
2684
2685
2686
2687
2688
2689                                                                                                                                                      <function name="Exponential" type="Exponential">
2690
2691
2692
2693
2694
2695                                                                                                                                                                                    <control name="area" value="1"/>
2696
2697
2698
2699
2700
2701
2702
2703
2704
2705
2706
2707
2708
2709
2710                                                                                                                                                                                    <control name="tMean" value="5"/>
2711
2712
2713
2714
2715
2716
2717
2718
2719
2720
2721
2722
2723
2724
2725                                                                                                                                                                                    <control name="RD" value="0.3"/>
2726
2727
2728
2729
2730
2731
2732
2733
2734
2735
2736
2737
2738
2739
2740                                                                                                                                                                                    <control name="frPeak" value="1E-6"/>
2741
2742
2743
2744
2745
2746
2747
2748
2749
2750
2751
2752
2753
2754
2755                                                                                                                                                                                    <control name="timeToRepeat" value="0"/>
2756
2757
2758
2759
2760
2761
2762
2763
2764
2765
2766
2767
2768
2769
2770          </function>
2771
2772
2773
2774
2775
2776
2777
2778
2779
2780
2781
2782
2783
2784
2785                                                                                                                                                      <function name="Gaussian" type="Gaussian">
2786
2787
2788
2789
2790
2791                                                                                                                                                                                    <control name="area" value="1"/>
2792
2793
2794
2795
2796
2797
2798
2799
2800
2801
2802
2803
2804
2805
2806                                                                                                                                                                                    <control name="tMean" value="5"/>
2807
2808
2809
2810
2811
2812
2813
2814
2815
2816
2817
2818
2819
2820
2821                                                                                                                                                                                    <control name="RD" value="0.3"/>
2822
2823
2824
2825
2826
2827
2828
2829
2830
2831
2832
2833
2834
2835
2836                                                                                                                                                                                    <control name="frPeak" value="1E-6"/>
2837
2838
2839
2840
2841
2842
2843
2844
2845
2846
2847
2848
2849
2850
2851                                                                                                                                                                                    <control name="timeToRepeat" value="0"/>
2852
2853
2854
2855
2856
2857
2858
2859
2860
2861
2862
2863
2864
2865
2866          </function>
2867
2868
2869
2870
2871
2872
2873
2874
2875
2876
2877
2878
2879
2880
2881                                                                                                                                                      <function name="LagNormal" type="Lagged Normal Density">
2882
2883
2884
2885
2886
2887                                                                                                                                                                                    <control name="area" value="1"/>
2888
2889
2890
2891
2892
2893
2894
2895
2896
2897
2898
2899
2900
2901
2902                                                                                                                                                                                    <control name="tMean" value="5"/>
2903
2904
2905
2906
2907
2908
2909
2910
2911
2912
2913
2914
2915
2916
2917                                                                                                                                                                                    <control name="RD" value="0.3"/>
2918
2919
2920
2921
2922
2923
2924
2925
2926
2927
2928
2929
2930
2931
2932                                                                                                                                                                                    <control name="skewn" value="1.3"/>
2933
2934
2935
2936
2937
2938
2939
2940
2941
2942
2943
2944
2945
2946
2947                                                                                                                                                                                    <control name="frPeak" value="1E-6"/>
2948
2949
2950
2951
2952
2953
2954
2955
2956
2957
2958
2959
2960
2961
2962                                                                                                                                                                                    <control name="upslope" value="Regular"/>
2963
2964
2965
2966
2967
2968
2969
2970
2971
2972
2973
2974
2975
2976
2977                                                                                                                                                                                    <control name="timeToRepeat" value="0"/>
2978
2979
2980
2981
2982
2983
2984
2985
2986
2987
2988
2989
2990
2991
2992          </function>
2993
2994
2995
2996
2997
2998
2999
3000
3001
3002
3003
3004
3005
3006
3007                                                                                                                                                      <function name="Longtail" type="Longtail">
3008
3009
3010
3011
3012
3013                                                                                                                                                                                    <control name="area" value="1"/>
3014
3015
3016
3017
3018
3019
3020
3021
3022
3023
3024
3025
3026
3027
3028                                                                                                                                                                                    <control name="frArea" value="0.3"/>
3029
3030
3031
3032
3033
3034
3035
3036
3037
3038
3039
3040
3041
3042
3043                                                                                                                                                                                    <control name="tMean" value="5"/>
3044
3045
3046
3047
3048
3049
3050
3051
3052
3053
3054
3055
3056
3057
3058                                                                                                                                                                                    <control name="RD" value="0.3"/>
3059
3060
3061
3062
3063
3064
3065
3066
3067
3068
3069
3070
3071
3072
3073                                                                                                                                                                                    <control name="skewn" value="1.3"/>
3074
3075
3076
3077
3078
3079
3080
3081
3082
3083
3084
3085
3086
3087
3088                                                                                                                                                                                    <control name="frPeak" value="0.1"/>
3089
3090
3091
3092
3093
3094
3095
3096
3097
3098
3099
3100
3101
3102
3103                                                                                                                                                                                    <control name="upslope" value="Regular"/>
3104
3105
3106
3107
3108
3109
3110
3111
3112
3113
3114
3115
3116
3117
3118                                                                                                                                                                                    <control name="nexp" value="3"/>
3119
3120
3121
3122
3123
3124
3125
3126
3127
3128
3129
3130
3131
3132
3133                                                                                                                                                                                    <control name="rk1" value="1"/>
3134
3135
3136
3137
3138
3139
3140
3141
3142
3143
3144
3145
3146
3147
3148                                                                                                                                                                                    <control name="rk2" value="0.2"/>
3149
3150
3151
3152
3153
3154
3155
3156
3157
3158
3159
3160
3161
3162
3163                                                                                                                                                                                    <control name="rk3" value="0.04"/>
3164
3165
3166
3167
3168
3169
3170
3171
3172
3173
3174
3175
3176
3177
3178                                                                                                                                                                                    <control name="rk4" value="0.008"/>
3179
3180
3181
3182
3183
3184
3185
3186
3187
3188
3189
3190
3191
3192
3193                                                                                                                                                                                    <control name="scaleta" value="1"/>
3194
3195
3196
3197
3198
3199
3200
3201
3202
3203
3204
3205
3206
3207
3208                                                                                                                                                                                    <control name="timeToRepeat" value="0"/>
3209
3210
3211
3212
3213
3214
3215
3216
3217
3218
3219
3220
3221
3222
3223          </function>
3224
3225
3226
3227
3228
3229
3230
3231
3232
3233
3234
3235
3236
3237
3238                                                                                                                                                      <function name="GammaVar" type="Gamma Variate">
3239
3240
3241
3242
3243
3244                                                                                                                                                                                    <control name="area" value="1"/>
3245
3246
3247
3248
3249
3250
3251
3252
3253
3254
3255
3256
3257
3258
3259                                                                                                                                                                                    <control name="tMean" value="5"/>
3260
3261
3262
3263
3264
3265
3266
3267
3268
3269
3270
3271
3272
3273
3274                                                                                                                                                                                    <control name="RD" value="0.3"/>
3275
3276
3277
3278
3279
3280
3281
3282
3283
3284
3285
3286
3287
3288
3289                                                                                                                                                                                    <control name="skewn" value="1.3"/>
3290
3291
3292
3293
3294
3295
3296
3297
3298
3299
3300
3301
3302
3303
3304                                                                                                                                                                                    <control name="frPeak" value="1E-6"/>
3305
3306
3307
3308
3309
3310
3311
3312
3313
3314
3315
3316
3317
3318
3319                                                                                                                                                                                    <control name="timeToRepeat" value="0"/>
3320
3321
3322
3323
3324
3325
3326
3327
3328
3329
3330
3331
3332
3333
3334          </function>
3335
3336
3337
3338
3339
3340
3341
3342
3343
3344
3345
3346
3347
3348
3349                                                                                                                                                      <function name="Poisson" type="Poisson-like">
3350
3351
3352
3353
3354
3355                                                                                                                                                                                    <control name="area" value="1"/>
3356
3357
3358
3359
3360
3361
3362
3363
3364
3365
3366
3367
3368
3369
3370                                                                                                                                                                                    <control name="tMean" value="5"/>
3371
3372
3373
3374
3375
3376
3377
3378
3379
3380
3381
3382
3383
3384
3385                                                                                                                                                                                    <control name="RD" value="0.3"/>
3386
3387
3388
3389
3390
3391
3392
3393
3394
3395
3396
3397
3398
3399
3400                                                                                                                                                                                    <control name="frPeak" value="1E-6"/>
3401
3402
3403
3404
3405
3406
3407
3408
3409
3410
3411
3412
3413
3414
3415                                                                                                                                                                                    <control name="timeToRepeat" value="0"/>
3416
3417
3418
3419
3420
3421
3422
3423
3424
3425
3426
3427
3428
3429
3430          </function>
3431
3432
3433
3434
3435
3436
3437
3438
3439
3440
3441
3442
3443
3444
3445                                                                                                                                                      <function name="RandomWalk" type="Random Walk">
3446
3447
3448
3449
3450
3451                                                                                                                                                                                    <control name="area" value="1"/>
3452
3453
3454
3455
3456
3457
3458
3459
3460
3461
3462
3463
3464
3465
3466                                                                                                                                                                                    <control name="tMean" value="5"/>
3467
3468
3469
3470
3471
3472
3473
3474
3475
3476
3477
3478
3479
3480
3481                                                                                                                                                                                    <control name="RD" value="0.3"/>
3482
3483
3484
3485
3486
3487
3488
3489
3490
3491
3492
3493
3494
3495
3496                                                                                                                                                                                    <control name="skewn" value="1"/>
3497
3498
3499
3500
3501
3502
3503
3504
3505
3506
3507
3508
3509
3510
3511                                                                                                                                                                                    <control name="frPeak" value="1E-6"/>
3512
3513
3514
3515
3516
3517
3518
3519
3520
3521
3522
3523
3524
3525
3526                                                                                                                                                                                    <control name="timeToRepeat" value="0"/>
3527
3528
3529
3530
3531
3532
3533
3534
3535
3536
3537
3538
3539
3540
3541          </function>
3542
3543
3544
3545
3546
3547
3548
3549
3550
3551
3552
3553
3554
3555
3556                                                                                                                                                      <function name="DataCurve" type="Data">
3557
3558
3559
3560
3561
3562                                                                                                                                                                                    <control name="ndim" value="1"/>
3563
3564
3565
3566
3567
3568
3569
3570
3571
3572
3573
3574
3575
3576
3577                                                                                                                                                                                    <control name="dataSet" value=""/>
3578
3579
3580
3581
3582
3583
3584
3585
3586
3587
3588
3589
3590
3591
3592                                                                                                                                                                                    <control name="name" value="iCa_driver"/>
3593
3594
3595
3596
3597
3598
3599
3600
3601
3602
3603
3604
3605
3606
3607          </function>
3608
3609
3610
3611
3612
3613
3614
3615
3616
3617
3618
3619
3620
3621
3622                                                                                                                                                      <control name="domain0" value="t"/>
3623
3624
3625
3626
3627
3628
3629
3630
3631
3632
3633
3634
3635
3636
3637                                                                                                                                                      <control name="domain1" value=""/>
3638
3639
3640
3641
3642
3643
3644
3645
3646
3647
3648
3649
3650
3651
3652                                                                                                                                                      <control name="domain2" value=""/>
3653
3654
3655
3656
3657
3658
3659
3660
3661
3662
3663
3664
3665
3666
3667        </function>
3668
3669
3670
3671
3672
3673
3674
3675
3676
3677
3678
3679
3680
3681
3682                                                                                                                        <assign name="vars">
3683
3684
3685
3686
3687
3688                                                                                                                                                      <control name="t.min" value="0"/>
3689
3690
3691
3692
3693
3694
3695
3696
3697
3698
3699
3700
3701
3702
3703                                                                                                                                                      <control name="t.max" value="1"/>
3704
3705
3706
3707
3708
3709
3710
3711
3712
3713
3714
3715
3716
3717
3718                                                                                                                                                      <control name="t.delta" value="1E-5"/>
3719
3720
3721
3722
3723
3724
3725
3726
3727
3728
3729
3730
3731
3732
3733                                                                                                                                                      <control name="R1" value="1.6"/>
3734
3735
3736
3737
3738
3739
3740
3741
3742
3743
3744
3745
3746
3747
3748                                                                                                                                                      <control name="R2" value="4"/>
3749
3750
3751
3752
3753
3754
3755
3756
3757
3758
3759
3760
3761
3762
3763                                                                                                                                                      <control name="CaInt_o" value="5E-8"/>
3764
3765
3766
3767
3768
3769
3770
3771
3772
3773
3774
3775
3776
3777
3778                                                                                                                                                      <control name="iCa" value="4E-12"/>
3779
3780
3781
3782
3783
3784
3785
3786
3787
3788
3789
3790
3791
3792
3793                                                                                                                                                      <control name="tOpen" value="0.38"/>
3794
3795
3796
3797
3798
3799
3800
3801
3802
3803
3804
3805
3806
3807
3808                                                                                                                                                      <control name="tClos" value="0.68"/>
3809
3810
3811
3812
3813
3814
3815
3816
3817
3818
3819
3820
3821
3822
3823                                                                                                                                                      <control name="FCa" value="193000"/>
3824
3825
3826
3827
3828
3829
3830
3831
3832
3833
3834
3835
3836
3837
3838                                                                                                                                                      <control name="useData" value="1"/>
3839
3840
3841
3842
3843
3844
3845
3846
3847
3848
3849
3850
3851
3852
3853                                                                                                                                                      <control name="DCa" value="780"/>
3854
3855
3856
3857
3858
3859
3860
3861
3862
3863
3864
3865
3866
3867
3868                                                                                                                                                      <control name="BufTot" value="0.01"/>
3869
3870
3871
3872
3873
3874
3875
3876
3877
3878
3879
3880
3881
3882
3883                                                                                                                                                      <control name="Kon_Buf" value="5E6"/>
3884
3885
3886
3887
3888
3889
3890
3891
3892
3893
3894
3895
3896
3897
3898                                                                                                                                                      <control name="KoffBuf" value="1"/>
3899
3900
3901
3902
3903
3904
3905
3906
3907
3908
3909
3910
3911
3912
3913                                                                                                                                                      <control name="DBuf" value="200"/>
3914
3915
3916
3917
3918
3919
3920
3921
3922
3923
3924
3925
3926
3927
3928                                                                                                                                                      <control name="FluTot" value="2E-4"/>
3929
3930
3931
3932
3933
3934
3935
3936
3937
3938
3939
3940
3941
3942
3943                                                                                                                                                      <control name="Kon_Flu" value="1.5E8"/>
3944
3945
3946
3947
3948
3949
3950
3951
3952
3953
3954
3955
3956
3957
3958                                                                                                                                                      <control name="KoffFlu" value="450"/>
3959
3960
3961
3962
3963
3964
3965
3966
3967
3968
3969
3970
3971
3972
3973                                                                                                                                                      <control name="iCa_in" value="iCa_in_gen"/>
3974
3975
3976
3977
3978
3979
3980
3981
3982
3983
3984
3985
3986
3987
3988        </assign>
3989
3990
3991
3992
3993
3994
3995
3996
3997
3998
3999
4000
4001
4002
4003      </vars>
4004      <control name="desc" value=""/>
4005      <control name="notes"></control>
4006    </parset>
4007    <plotpage name="plotpage_3">
4008      <control name="confPlot" value="0"/>
4009      <control name="nRow" value="3"/>
4010      <control name="nCol" value="1"/>
4011      <control name="liveUpdate" value="false"/>
4012      <control name="showConf" value="true"/>
4013      <control name="showXRule" value="false"/>
4014      <control name="xRule" value="0.5"/>
4015      <control name="showYRule" value="false"/>
4016      <control name="yRule" value="0.5"/>
4017      <control name="showMinMaxSliders" value="false"/>
4018      <control name="animeDuration" value="10"/>
4019      <control name="animeRate" value="10"/>
4020      <control name="animeLoop" value="false"/>
4021      <control name="animeDir" value="true"/>
4022      <plot name="plot0">
4023        <control name="nItems" value="2"/>
4024        <control name="title" value="[Title]"/>
4025        <control name="titleX" value="0.5"/>
4026        <control name="titleY" value="1"/>
4027        <control name="footer" value="%TIME"/>
4028        <control name="footerX" value="0"/>
4029        <control name="footerY" value="0"/>
4030        <control name="showLegend" value="true"/>
4031        <control name="showTitle" value="true"/>
4032        <control name="showFooter" value="true"/>
4033        <control name="legendX" value="1"/>
4034        <control name="legendY" value="1"/>
4035        <control name="style" value="XY plot"/>
4036        <control name="confItem" value="1"/>
4037        <control name="confAxis" value="Y"/>
4038        <plotaxis name="xaxis">
4039          <control name="log" value="linear"/>
4040          <control name="autoscale" value="true"/>
4041          <control name="label" value="axis label"/>
4042          <control name="showLabel" value="true"/>
4043          <control name="min" value="0"/>
4044          <control name="max" value="1"/>
4045        </plotaxis>
4046        <plotaxis name="yaxis">
4047          <control name="log" value="linear"/>
4048          <control name="autoscale" value="true"/>
4049          <control name="label" value="axis label"/>
4050          <control name="showLabel" value="true"/>
4051          <control name="min" value="0"/>
4052          <control name="max" value="0.005"/>
4053        </plotaxis>
4054        <plotaxis name="zaxis">
4055          <control name="log" value="linear"/>
4056          <control name="autoscale" value="true"/>
4057          <control name="label" value="axis label"/>
4058          <control name="showLabel" value="true"/>
4059          <control name="min" value="0"/>
4060          <control name="max" value="1"/>
4061        </plotaxis>
4062        <plotitem name="item0">
4063          <control name="src" value="Vessel_Resist_Ca"/>
4064          <control name="expr" value="Jm_CaDiff12"/>
4065          <control name="color" value="red"/>
4066          <control name="size" value="small"/>
4067          <control name="shape" value="none"/>
4068          <control name="line" value="solid"/>
4069          <control name="thickness" value="thin"/>
4070          <control name="colorMap" value="none"/>
4071          <control name="palette" value="heat"/>
4072          <control name="show" value="false"/>
4073          <control name="xExpr" value=""/>
4074          <control name="yExpr" value=""/>
4075        </plotitem>
4076        <plotitem name="item1">
4077          <control name="src" value="Vessel_Resist_Ca"/>
4078          <control name="expr" value="CaBuf1+CaBuf2+CaBuf3+Buf1+Buf2+Buf3"/>
4079          <control name="color" value="black"/>
4080          <control name="size" value="small"/>
4081          <control name="shape" value="none"/>
4082          <control name="line" value="solid"/>
4083          <control name="thickness" value="thin"/>
4084          <control name="colorMap" value="none"/>
4085          <control name="palette" value="heat"/>
4086          <control name="show" value="true"/>
4087          <control name="xExpr" value=""/>
4088          <control name="yExpr" value=""/>
4089        </plotitem>
4090      </plot>
4091      <plot name="plot1">
4092        <control name="nItems" value="6"/>
4093        <control name="title" value="[Title]"/>
4094        <control name="titleX" value="0.5"/>
4095        <control name="titleY" value="1"/>
4096        <control name="footer" value="%TIME"/>
4097        <control name="footerX" value="0"/>
4098        <control name="footerY" value="0"/>
4099        <control name="showLegend" value="true"/>
4100        <control name="showTitle" value="true"/>
4101        <control name="showFooter" value="true"/>
4102        <control name="legendX" value="1"/>
4103        <control name="legendY" value="1"/>
4104        <control name="style" value="XY plot"/>
4105        <control name="confItem" value="5"/>
4106        <control name="confAxis" value="Y"/>
4107        <plotaxis name="xaxis">
4108          <control name="log" value="linear"/>
4109          <control name="autoscale" value="true"/>
4110          <control name="label" value="axis label"/>
4111          <control name="showLabel" value="true"/>
4112          <control name="min" value="0"/>
4113          <control name="max" value="1"/>
4114        </plotaxis>
4115        <plotaxis name="yaxis">
4116          <control name="log" value="linear"/>
4117          <control name="autoscale" value="true"/>
4118          <control name="label" value="axis label"/>
4119          <control name="showLabel" value="true"/>
4120          <control name="min" value="0"/>
4121          <control name="max" value="1"/>
4122        </plotaxis>
4123        <plotaxis name="zaxis">
4124          <control name="log" value="linear"/>
4125          <control name="autoscale" value="true"/>
4126          <control name="label" value="axis label"/>
4127          <control name="showLabel" value="true"/>
4128          <control name="min" value="0"/>
4129          <control name="max" value="1"/>
4130        </plotaxis>
4131        <plotitem name="item0">
4132          <control name="src" value="Vessel_Resist_Ca"/>
4133          <control name="expr" value="Buf3"/>
4134          <control name="color" value="black"/>
4135          <control name="size" value="small"/>
4136          <control name="shape" value="none"/>
4137          <control name="line" value="solid"/>
4138          <control name="thickness" value="medium"/>
4139          <control name="colorMap" value="none"/>
4140          <control name="palette" value="heat"/>
4141          <control name="show" value="true"/>
4142          <control name="xExpr" value=""/>
4143          <control name="yExpr" value=""/>
4144        </plotitem>
4145        <plotitem name="item1">
4146          <control name="src" value="Vessel_Resist_Ca"/>
4147          <control name="expr" value="Buf2"/>
4148          <control name="color" value="red"/>
4149          <control name="size" value="small"/>
4150          <control name="shape" value="none"/>
4151          <control name="line" value="solid"/>
4152          <control name="thickness" value="medium"/>
4153          <control name="colorMap" value="none"/>
4154          <control name="palette" value="heat"/>
4155          <control name="show" value="true"/>
4156          <control name="xExpr" value=""/>
4157          <control name="yExpr" value=""/>
4158        </plotitem>
4159        <plotitem name="item2">
4160          <control name="src" value="Vessel_Resist_Ca"/>
4161          <control name="expr" value="Buf3"/>
4162          <control name="color" value="orange"/>
4163          <control name="size" value="small"/>
4164          <control name="shape" value="none"/>
4165          <control name="line" value="solid"/>
4166          <control name="thickness" value="medium"/>
4167          <control name="colorMap" value="none"/>
4168          <control name="palette" value="heat"/>
4169          <control name="show" value="true"/>
4170          <control name="xExpr" value=""/>
4171          <control name="yExpr" value=""/>
4172        </plotitem>
4173        <plotitem name="item3">
4174          <control name="src" value="Vessel_Resist_Ca"/>
4175          <control name="expr" value="CaBuf1"/>
4176          <control name="color" value="yellow"/>
4177          <control name="size" value="small"/>
4178          <control name="shape" value="none"/>
4179          <control name="line" value="solid"/>
4180          <control name="thickness" value="medium"/>
4181          <control name="colorMap" value="none"/>
4182          <control name="palette" value="heat"/>
4183          <control name="show" value="true"/>
4184          <control name="xExpr" value=""/>
4185          <control name="yExpr" value=""/>
4186        </plotitem>
4187        <plotitem name="item4">
4188          <control name="src" value="Vessel_Resist_Ca"/>
4189          <control name="expr" value="CaBuf2"/>
4190          <control name="color" value="green"/>
4191          <control name="size" value="small"/>
4192          <control name="shape" value="none"/>
4193          <control name="line" value="solid"/>
4194          <control name="thickness" value="medium"/>
4195          <control name="colorMap" value="none"/>
4196          <control name="palette" value="heat"/>
4197          <control name="show" value="true"/>
4198          <control name="xExpr" value=""/>
4199          <control name="yExpr" value=""/>
4200        </plotitem>
4201        <plotitem name="item5">
4202          <control name="src" value="Vessel_Resist_Ca"/>
4203          <control name="expr" value="CaBuf3"/>
4204          <control name="color" value="blue"/>
4205          <control name="size" value="small"/>
4206          <control name="shape" value="none"/>
4207          <control name="line" value="solid"/>
4208          <control name="thickness" value="medium"/>
4209          <control name="colorMap" value="none"/>
4210          <control name="palette" value="heat"/>
4211          <control name="show" value="true"/>
4212          <control name="xExpr" value=""/>
4213          <control name="yExpr" value=""/>
4214        </plotitem>
4215      </plot>
4216      <plot name="plot2">
4217        <control name="nItems" value="1"/>
4218        <control name="title" value="[Title]"/>
4219        <control name="titleX" value="0.5"/>
4220        <control name="titleY" value="1"/>
4221        <control name="footer" value="%TIME"/>
4222        <control name="footerX" value="0"/>
4223        <control name="footerY" value="0"/>
4224        <control name="showLegend" value="true"/>
4225        <control name="showTitle" value="true"/>
4226        <control name="showFooter" value="true"/>
4227        <control name="legendX" value="1"/>
4228        <control name="legendY" value="1"/>
4229        <control name="style" value="XY plot"/>
4230        <control name="confItem" value="0"/>
4231        <control name="confAxis" value="Y"/>
4232        <plotaxis name="xaxis">
4233          <control name="log" value="linear"/>
4234          <control name="autoscale" value="true"/>
4235          <control name="label" value="axis label"/>
4236          <control name="showLabel" value="true"/>
4237          <control name="min" value="0"/>
4238          <control name="max" value="1"/>
4239        </plotaxis>
4240        <plotaxis name="yaxis">
4241          <control name="log" value="linear"/>
4242          <control name="autoscale" value="false"/>
4243          <control name="label" value="axis label"/>
4244          <control name="showLabel" value="true"/>
4245          <control name="min" value="0"/>
4246          <control name="max" value="0.05"/>
4247        </plotaxis>
4248        <plotaxis name="zaxis">
4249          <control name="log" value="linear"/>
4250          <control name="autoscale" value="true"/>
4251          <control name="label" value="axis label"/>
4252          <control name="showLabel" value="true"/>
4253          <control name="min" value="0"/>
4254          <control name="max" value="1"/>
4255        </plotaxis>
4256        <plotitem name="item0">
4257          <control name="src" value="Vessel_Resist_Ca"/>
4258          <control name="expr" value="Buf1+Buf2+Buf3+CaBuf1+CaBuf2+CaBuf3"/>
4259          <control name="color" value="black"/>
4260          <control name="size" value="small"/>
4261          <control name="shape" value="none"/>
4262          <control name="line" value="solid"/>
4263          <control name="thickness" value="medium"/>
4264          <control name="colorMap" value="none"/>
4265          <control name="palette" value="heat"/>
4266          <control name="show" value="true"/>
4267          <control name="xExpr" value=""/>
4268          <control name="yExpr" value=""/>
4269        </plotitem>
4270      </plot>
4271    </plotpage>
4272    <model name="A_Tact_Ca_Fit">
4273      <control name="desc" value=""/>
4274      <control name="easelVariant" value=""/>
4275      <control name="notes"></control>
4276      <control name="modelSource">//
4277// -----------------------------------------------------------------------------
4278//              V S M   A   A N D   T A C T   F I T   M O D E L 
4279// -----------------------------------------------------------------------------
4280
4281//  This model fits a sigmoidal shaped curve to calculated data points
4282//  derived from Figure 6 of Knot and Nelson.  The fit to the VSM activation
4283//  curve is the preferred because with the active tension derived data we
4284//  must make a guess at the maximmal Tact value which is dependent on
4285//  vessel circumferential length so will vary from 1 as indicated in the
4286//  fit shown below. 
4287
4288
4289//  Created       by Brian Carlson
4290//                on 5 July 2007
4291//  Last modified on 5 July 2007
4292
4293        JSim v1.1
4294
4295        import nsrunit;
4296        unit conversion on;
4297
4298        math A_Tact_Ca_Fit{
4299
4300// -----------------------------------------------------------------------------
4301//   PARAMETERS OF        V S M   A   A N D   T A C T   F I T   M O D E L
4302// -----------------------------------------------------------------------------
4303
4304        realDomain Ca nM;               // INDEPENDENT VARIABLE
4305        Ca.min=0; Ca.max=400; Ca.delta=1;
4306       
4307        real                            // PARAMETERS
4308        KCaA = 1 1/nM,                  // VSM activation steepness parameter
4309        Ca50A = 185 nM,                 // Ca at 50% activation
4310        KCaTact = 1 1/nM,               // Active T steepness parameter
4311        Ca50Tact = 185 nM;              // Ca at 50% max active tension
4312       
4313
4314// -----------------------------------------------------------------------------
4315//   VARIABLES OF         V S M   A   A N D   T A C T   F I T   M O D E L
4316// -----------------------------------------------------------------------------
4317
4318        real                            // VARIABLES
4319        A(Ca),                          // VSM activation
4320        Tact(Ca);                       // Active Tension
4321
4322// -----------------------------------------------------------------------------
4323//   SYSTEM OF EQNS OF     V S M   A   A N D   T A C T   F I T   M O D E L
4324// -----------------------------------------------------------------------------
4325       
4326        A = (1 + exp( KCaA*((-1*Ca) + Ca50A) ))^-1;
4327        Tact = (1 + exp( KCaTact*((-1*Ca) + Ca50Tact) ))^-1;
4328
4329// -----------------------------------------------------------------------------
4330//   REFERENCES FOR        V S M   A   A N D   T A C T   F I T   M O D E L
4331// -----------------------------------------------------------------------------
4332
4333//      1. Knot HJ and Nelson MT
4334//         Regulation of arterial diameter and wall [Ca2+] in cerebral
4335//         arteries of rat by membrane potential and intravascular pressure.
4336//         Journal of Physiology 508:199-209, 1998.
4337
4338        }
4339
4340</control>
4341      <control name="sourceType" value="mml"/>
4342      <control name="auxName" value=""/>
4343      <control name="parSetName" value="normalizedAvsCa_curvefit"/>
4344      <control name="parSetModified" value="true"/>
4345      <control name="built" value="true"/>
4346      <control name="customRTML"></control>
4347      <control name="customBuilt" value="false"/>
4348      <vars name="vars"/>
4349      <parset name="last">
4350        <vars name="vars">
4351          <solver name="solver">
4352            <control name="ode_which" value="Auto"/>
4353            <control name="ode_Dopri5_reltol" value="1E-7"/>
4354            <control name="ode_Dopri5_abstol" value="1E-7"/>
4355            <control name="ode_Dopri5_nstep" value="100000"/>
4356            <control name="ode_Dopri5_stiff" value="1000"/>
4357            <control name="ode_Dopri5_round" value="2.3E-16"/>
4358            <control name="ode_Dopri5_safety" value="0.9"/>
4359            <control name="ode_Dopri5_loselect" value="0.2"/>
4360            <control name="ode_Dopri5_hiselect" value="10"/>
4361            <control name="ode_Dopri5_beta" value="0.04"/>
4362            <control name="ode_Euler_nstep" value="2"/>
4363            <control name="ode_Fehlberg_minstep" value="1E-4"/>
4364            <control name="ode_Fehlberg_maxstep" value="0.1"/>
4365            <control name="ode_Fehlberg_tol" value="1E-6"/>
4366            <control name="ode_KM_minstep" value="1E-4"/>
4367            <control name="ode_KM_maxstep" value="0.1"/>
4368            <control name="ode_KM_tol" value="1E-6"/>
4369            <control name="ode_Radau_reltol" value="1E-4"/>
4370            <control name="ode_Radau_abstol" value="1E-7"/>
4371            <control name="ode_Radau_nstep" value="100000"/>
4372            <control name="ode_Radau_round" value="1E-16"/>
4373            <control name="ode_Radau_safety" value="0.9"/>
4374            <control name="ode_Radau_minord" value="3"/>
4375            <control name="ode_Radau_maxord" value="7"/>
4376            <control name="ode_Radau_initord" value="3"/>
4377            <control name="ode_Radau_newton" value="7"/>
4378            <control name="ode_Radau_jacob" value="0.001"/>
4379            <control name="ode_Radau_losize" value="1"/>
4380            <control name="ode_Radau_hisize" value="1.2"/>
4381            <control name="ode_Radau_loselect" value="0.2"/>
4382            <control name="ode_Radau_hiselect" value="8"/>
4383            <control name="ode_Radau_locontract" value="0.002"/>
4384            <control name="ode_Radau_hicontract" value="0.8"/>
4385            <control name="ode_Radau_hiorder" value="1.2"/>
4386            <control name="ode_Radau_loorder" value="0.8"/>
4387            <control name="ode_RK4_nstep" value="2"/>
4388            <control name="ode_CVode_reltol" value="1E-7"/>
4389            <control name="ode_CVode_abstol" value="1E-8"/>
4390            <control name="ode_CVode_maxsteps" value="100000"/>
4391            <control name="ode_CVode_stiff" value="false"/>
4392            <control name="pde_which" value="LSFEA"/>
4393            <control name="pde_MacCormack_FCT" value="false"/>
4394            <control name="fzero_unbound" value="ggopt"/>
4395            <control name="fzero_bound" value="simplex"/>
4396            <control name="fzero_errtol" value="1E-6"/>
4397            <control name="fzero_maxcalls" value="500"/>
4398            <control name="fzero_maxiters" value="100"/>
4399            <control name="fzero_eps" value="1E-6"/>
4400            <control name="fzero_istep" value="0.01"/>
4401            <control name="fzero_npoints" value="5"/>
4402          </solver>
4403          <assign name="vars">
4404            <control name="Ca.min" value="0"/>
4405            <control name="Ca.max" value="400"/>
4406            <control name="Ca.delta" value="1"/>
4407            <control name="KCaA" value="0.04596472"/>
4408            <control name="Ca50A" value="185.46784808"/>
4409            <control name="KCaTact" value="0.03024562"/>
4410            <control name="Ca50Tact" value="202.57827479"/>
4411          </assign>
4412        </vars>
4413        <control name="desc" value=""/>
4414        <control name="notes"></control>
4415      </parset>
4416      <imageset name="images"/>
4417      <loops name="loops">
4418        <loop name="outer">
4419          <control name="mode" value="auto"/>
4420          <control name="ntimes" value="3"/>
4421          <control name="npars" value="1"/>
4422          <looppar name="looppar0">
4423            <control name="par" value=""/>
4424            <control name="values" value=""/>
4425            <control name="enabled" value="true"/>
4426          </looppar>
4427        </loop>
4428        <loop name="inner">
4429          <control name="mode" value="auto"/>
4430          <control name="ntimes" value="3"/>
4431          <control name="npars" value="1"/>
4432          <looppar name="looppar0">
4433            <control name="par" value=""/>
4434            <control name="values" value=""/>
4435            <control name="enabled" value="true"/>
4436          </looppar>
4437        </loop>
4438      </loops>
4439      <sens name="sens">
4440        <control name="npars" value="1"/>
4441        <senspar name="senspar0">
4442          <control name="par" value=""/>
4443          <control name="delta" value="0.01"/>
4444          <control name="enabled" value="true"/>
4445        </senspar>
4446      </sens>
4447      <optim name="optim">
4448        <control name="npars" value="5"/>
4449        <control name="nmatches" value="3"/>
4450        <control name="alg" value="neldermead"/>
4451        <control name="maxCalls" value="50"/>
4452        <control name="maxIters" value="10"/>
4453        <control name="errTol" value="0.001"/>
4454        <control name="stepTol" value="1E-6"/>
4455        <control name="gradTol" value="1E-6"/>
4456        <control name="npoints" value="5"/>
4457        <control name="eps" value="1E-6"/>
4458        <optpar name="optpar0">
4459          <control name="par" value="KCaA"/>
4460          <control name="min" value="NaN"/>
4461          <control name="max" value="NaN"/>
4462          <control name="step" value="0.01"/>
4463          <control name="enabled" value="true"/>
4464        </optpar>
4465        <optmatch name="optmatch0">
4466          <control name="src" value="A_vs_Ca"/>
4467          <control name="data" value="A"/>
4468          <control name="expr" value="A"/>
4469          <control name="pointWgts" value="1"/>
4470          <control name="step" value="1"/>
4471          <control name="enabled" value="true"/>
4472        </optmatch>
4473        <optpar name="optpar1">
4474          <control name="par" value="Ca50A"/>
4475          <control name="min" value="NaN"/>
4476          <control name="max" value="NaN"/>
4477          <control name="step" value="0.01"/>
4478          <control name="enabled" value="true"/>
4479        </optpar>
4480        <optpar name="optpar2">
4481          <control name="par" value="KCaTact"/>
4482          <control name="min" value="NaN"/>
4483          <control name="max" value="NaN"/>
4484          <control name="step" value="0.01"/>
4485          <control name="enabled" value="true"/>
4486        </optpar>
4487        <optpar name="optpar3">
4488          <control name="par" value="Ca50Tact"/>
4489          <control name="min" value="NaN"/>
4490          <control name="max" value="NaN"/>
4491          <control name="step" value="0.01"/>
4492          <control name="enabled" value="true"/>
4493        </optpar>
4494        <optpar name="optpar4">
4495          <control name="par" value=""/>
4496          <control name="min" value="NaN"/>
4497          <control name="max" value="NaN"/>
4498          <control name="step" value="0.01"/>
4499          <control name="enabled" value="true"/>
4500        </optpar>
4501        <optmatch name="optmatch1">
4502          <control name="src" value="Tact_vs_Ca"/>
4503          <control name="data" value="Tact"/>
4504          <control name="expr" value="Tact"/>
4505          <control name="pointWgts" value="1"/>
4506          <control name="step" value="1"/>
4507          <control name="enabled" value="true"/>
4508        </optmatch>
4509        <optmatch name="optmatch2">
4510          <control name="src" value=""/>
4511          <control name="data" value=""/>
4512          <control name="expr" value=""/>
4513          <control name="pointWgts" value="1"/>
4514          <control name="step" value="1"/>
4515          <control name="enabled" value="true"/>
4516        </optmatch>
4517      </optim>
4518      <rtml name="rtml"/>
4519    </model>
4520    <dataset coding="ascii" name="A_vs_Ca" precision="19" version="1.6.74">
4521      <ndata desc="" name="A">
4522        <grid desc="Ca2+" nsamples="6" tag="grid_0">
4523          <samples>  118.342  141.457  160.553  188.693  215.829  244.975</samples>
4524        </grid>
4525        <samples>  0.041201369  0.083698027  0.277489351  0.522730173  0.803937618  0.938602184</samples>
4526      </ndata>
4527      <control name="desc" value=""/>
4528      <control name="notes"></control>
4529      <control name="origFile" value="/Users/Brian/Desktop/A_vs_Ca.cdata"/>
4530      <control name="encoding" value="ascii"/>
4531      <control name="filterType" value="crop"/>
4532      <control name="filterDim" value="0"/>
4533      <control name="filterMin" value="0"/>
4534      <control name="filterMax" value="100"/>
4535      <control name="filterDelta" value="0.1"/>
4536    </dataset>
4537    <dataset coding="ascii" name="Tact_vs_Ca" precision="19" version="1.6.74">
4538      <ndata desc="" name="Tact">
4539        <grid desc="Ca2+" nsamples="6" tag="grid_0">
4540          <samples>  118.342  141.457  160.553  188.693  215.829  244.975</samples>
4541        </grid>
4542        <samples>  0.033  0.0779  0.2741  0.4  0.6294  0.7348</samples>
4543      </ndata>
4544      <control name="desc" value=""/>
4545      <control name="notes"></control>
4546      <control name="origFile" value="/Users/Brian/Desktop/TACT_vs_Ca.cdata"/>
4547      <control name="encoding" value="ascii"/>
4548      <control name="filterType" value="crop"/>
4549      <control name="filterDim" value="0"/>
4550      <control name="filterMin" value="0"/>
4551      <control name="filterMax" value="100"/>
4552      <control name="filterDelta" value="0.1"/>
4553    </dataset>
4554    <plotpage name="A_D_R">
4555      <control name="confPlot" value="3"/>
4556      <control name="nRow" value="2"/>
4557      <control name="nCol" value="2"/>
4558      <control name="liveUpdate" value="false"/>
4559      <control name="showConf" value="true"/>
4560      <control name="showXRule" value="false"/>
4561      <control name="xRule" value="0.5"/>
4562      <control name="showYRule" value="false"/>
4563      <control name="yRule" value="0.5"/>
4564      <control name="showMinMaxSliders" value="false"/>
4565      <control name="animeDuration" value="10"/>
4566      <control name="animeRate" value="10"/>
4567      <control name="animeLoop" value="false"/>
4568      <control name="animeDir" value="true"/>
4569      <plot name="plot0">
4570        <control name="nItems" value="1"/>
4571        <control name="title" value="Ca2+ in Cytosol"/>
4572        <control name="titleX" value="0.45482866"/>
4573        <control name="titleY" value="0.73745174"/>
4574        <control name="footer" value="%TIME"/>
4575        <control name="footerX" value="0"/>
4576        <control name="footerY" value="0"/>
4577        <control name="showLegend" value="false"/>
4578        <control name="showTitle" value="true"/>
4579        <control name="showFooter" value="false"/>
4580        <control name="legendX" value="1"/>
4581        <control name="legendY" value="1"/>
4582        <control name="style" value="XY plot"/>
4583        <control name="confItem" value="0"/>
4584        <control name="confAxis" value="Y"/>
4585        <plotaxis name="xaxis">
4586          <control name="log" value="linear"/>
4587          <control name="autoscale" value="true"/>
4588          <control name="label" value="Time, t, seconds"/>
4589          <control name="showLabel" value="true"/>
4590          <control name="min" value="0"/>
4591          <control name="max" value="1"/>
4592        </plotaxis>
4593        <plotaxis name="yaxis">
4594          <control name="log" value="linear"/>
4595          <control name="autoscale" value="true"/>
4596          <control name="label" value="Ca2+ concentration, Ca3, M"/>
4597          <control name="showLabel" value="true"/>
4598          <control name="min" value="0"/>
4599          <control name="max" value="1"/>
4600        </plotaxis>
4601        <plotaxis name="zaxis">
4602          <control name="log" value="linear"/>
4603          <control name="autoscale" value="true"/>
4604          <control name="label" value="axis label"/>
4605          <control name="showLabel" value="true"/>
4606          <control name="min" value="0"/>
4607          <control name="max" value="1"/>
4608        </plotaxis>
4609        <plotitem name="item0">
4610          <control name="src" value="Vessel_Resist_Ca"/>
4611          <control name="expr" value="Ca3"/>
4612          <control name="color" value="black"/>
4613          <control name="size" value="small"/>
4614          <control name="shape" value="none"/>
4615          <control name="line" value="solid"/>
4616          <control name="thickness" value="medium"/>
4617          <control name="colorMap" value="none"/>
4618          <control name="palette" value="heat"/>
4619          <control name="show" value="true"/>
4620          <control name="xExpr" value=""/>
4621          <control name="yExpr" value=""/>
4622        </plotitem>
4623      </plot>
4624      <plot name="plot1">
4625        <control name="nItems" value="1"/>
4626        <control name="title" value="VSM Activation"/>
4627        <control name="titleX" value="0.75700935"/>
4628        <control name="titleY" value="0.62548263"/>
4629        <control name="footer" value="%TIME"/>
4630        <control name="footerX" value="0"/>
4631        <control name="footerY" value="0"/>
4632        <control name="showLegend" value="false"/>
4633        <control name="showTitle" value="true"/>
4634        <control name="showFooter" value="false"/>
4635        <control name="legendX" value="1"/>
4636        <control name="legendY" value="1"/>
4637        <control name="style" value="XY plot"/>
4638        <control name="confItem" value="0"/>
4639        <control name="confAxis" value="Y"/>
4640        <plotaxis name="xaxis">
4641          <control name="log" value="linear"/>
4642          <control name="autoscale" value="true"/>
4643          <control name="label" value="Time, t, seconds"/>
4644          <control name="showLabel" value="true"/>
4645          <control name="min" value="0"/>
4646          <control name="max" value="1"/>
4647        </plotaxis>
4648        <plotaxis name="yaxis">
4649          <control name="log" value="linear"/>
4650          <control name="autoscale" value="true"/>
4651          <control name="label" value="VSM Activation, A"/>
4652          <control name="showLabel" value="true"/>
4653          <control name="min" value="0"/>
4654          <control name="max" value="1"/>
4655        </plotaxis>
4656        <plotaxis name="zaxis">
4657          <control name="log" value="linear"/>
4658          <control name="autoscale" value="true"/>
4659          <control name="label" value="axis label"/>
4660          <control name="showLabel" value="true"/>
4661          <control name="min" value="0"/>
4662          <control name="max" value="1"/>
4663        </plotaxis>
4664        <plotitem name="item0">
4665          <control name="src" value="Vessel_Resist_Ca"/>
4666          <control name="expr" value="A"/>
4667          <control name="color" value="black"/>
4668          <control name="size" value="small"/>
4669          <control name="shape" value="none"/>
4670          <control name="line" value="solid"/>
4671          <control name="thickness" value="medium"/>
4672          <control name="colorMap" value="none"/>
4673          <control name="palette" value="heat"/>
4674          <control name="show" value="true"/>
4675          <control name="xExpr" value=""/>
4676          <control name="yExpr" value=""/>
4677        </plotitem>
4678      </plot>
4679      <plot name="plot2">
4680        <control name="nItems" value="1"/>
4681        <control name="title" value="Arteriolar Diameter"/>
4682        <control name="titleX" value="0.68847352"/>
4683        <control name="titleY" value="0.8030888"/>
4684        <control name="footer" value="%TIME"/>
4685        <control name="footerX" value="0"/>
4686        <control name="footerY" value="0"/>
4687        <control name="showLegend" value="false"/>
4688        <control name="showTitle" value="true"/>
4689        <control name="showFooter" value="false"/>
4690        <control name="legendX" value="1"/>
4691        <control name="legendY" value="1"/>
4692        <control name="style" value="XY plot"/>
4693        <control name="confItem" value="0"/>
4694        <control name="confAxis" value="Y"/>
4695        <plotaxis name="xaxis">
4696          <control name="log" value="linear"/>
4697          <control name="autoscale" value="true"/>
4698          <control name="label" value="Time, t, seconds"/>
4699          <control name="showLabel" value="true"/>
4700          <control name="min" value="0"/>
4701          <control name="max" value="1"/>
4702        </plotaxis>
4703        <plotaxis name="yaxis">
4704          <control name="log" value="linear"/>
4705          <control name="autoscale" value="true"/>
4706          <control name="label" value="Arteriolar Diameter, D, um"/>
4707          <control name="showLabel" value="true"/>
4708          <control name="min" value="0"/>
4709          <control name="max" value="1"/>
4710        </plotaxis>
4711        <plotaxis name="zaxis">
4712          <control name="log" value="linear"/>
4713          <control name="autoscale" value="true"/>
4714          <control name="label" value="axis label"/>
4715          <control name="showLabel" value="true"/>
4716          <control name="min" value="0"/>
4717          <control name="max" value="1"/>
4718        </plotaxis>
4719        <plotitem name="item0">
4720          <control name="src" value="Vessel_Resist_Ca"/>
4721          <control name="expr" value="D"/>
4722          <control name="color" value="black"/>
4723          <control name="size" value="small"/>
4724          <control name="shape" value="none"/>
4725          <control name="line" value="solid"/>
4726          <control name="thickness" value="medium"/>
4727          <control name="colorMap" value="none"/>
4728          <control name="palette" value="heat"/>
4729          <control name="show" value="true"/>
4730          <control name="xExpr" value=""/>
4731          <control name="yExpr" value=""/>
4732        </plotitem>
4733      </plot>
4734      <plot name="plot3">
4735        <control name="nItems" value="1"/>
4736        <control name="title" value="Arteriolar Compartment Resistance"/>
4737        <control name="titleX" value="0.59501558"/>
4738        <control name="titleY" value="0.97297297"/>
4739        <control name="footer" value="%TIME"/>
4740        <control name="footerX" value="0"/>
4741        <control name="footerY" value="0"/>
4742        <control name="showLegend" value="false"/>
4743        <control name="showTitle" value="true"/>
4744        <control name="showFooter" value="false"/>
4745        <control name="legendX" value="1"/>
4746        <control name="legendY" value="1"/>
4747        <control name="style" value="XY plot"/>
4748        <control name="confItem" value="0"/>
4749        <control name="confAxis" value="Y"/>
4750        <plotaxis name="xaxis">
4751          <control name="log" value="linear"/>
4752          <control name="autoscale" value="true"/>
4753          <control name="label" value="Time, t, seconds"/>
4754          <control name="showLabel" value="true"/>
4755          <control name="min" value="0"/>
4756          <control name="max" value="1"/>
4757        </plotaxis>
4758        <plotaxis name="yaxis">
4759          <control name="log" value="linear"/>
4760          <control name="autoscale" value="true"/>
4761          <control name="label" value="Resistance, mmHg*s/L"/>
4762          <control name="showLabel" value="true"/>
4763          <control name="min" value="0"/>
4764          <control name="max" value="1"/>
4765        </plotaxis>
4766        <plotaxis name="zaxis">
4767          <control name="log" value="linear"/>
4768          <control name="autoscale" value="true"/>
4769          <control name="label" value="axis label"/>
4770          <control name="showLabel" value="true"/>
4771          <control name="min" value="0"/>
4772          <control name="max" value="1"/>
4773        </plotaxis>
4774        <plotitem name="item0">
4775          <control name="src" value="Vessel_Resist_Ca"/>
4776          <control name="expr" value="Rsa"/>
4777          <control name="color" value="black"/>
4778          <control name="size" value="small"/>
4779          <control name="shape" value="none"/>
4780          <control name="line" value="solid"/>
4781          <control name="thickness" value="medium"/>
4782          <control name="colorMap" value="none"/>
4783          <control name="palette" value="heat"/>
4784          <control name="show" value="true"/>
4785          <control name="xExpr" value=""/>
4786          <control name="yExpr" value=""/>
4787        </plotitem>
4788      </plot>
4789    </plotpage>
4790    <plotpage name="A_Tact_Fits">
4791      <control name="confPlot" value="0"/>
4792      <control name="nRow" value="2"/>
4793      <control name="nCol" value="1"/>
4794      <control name="liveUpdate" value="false"/>
4795      <control name="showConf" value="true"/>
4796      <control name="showXRule" value="false"/>
4797      <control name="xRule" value="0.5"/>
4798      <control name="showYRule" value="false"/>
4799      <control name="yRule" value="0.5"/>
4800      <control name="showMinMaxSliders" value="false"/>
4801      <control name="animeDuration" value="10"/>
4802      <control name="animeRate" value="10"/>
4803      <control name="animeLoop" value="false"/>
4804      <control name="animeDir" value="true"/>
4805      <plot name="plot0">
4806        <control name="nItems" value="2"/>
4807        <control name="title" value="Activation as a Function of Ca2+"/>
4808        <control name="titleX" value="0.31952663"/>
4809        <control name="titleY" value="0.88259958"/>
4810        <control name="footer" value="%TIME"/>
4811        <control name="footerX" value="0"/>
4812        <control name="footerY" value="0"/>
4813        <control name="showLegend" value="true"/>
4814        <control name="showTitle" value="true"/>
4815        <control name="showFooter" value="false"/>
4816        <control name="legendX" value="0.80276134"/>
4817        <control name="legendY" value="0.55462185"/>
4818        <control name="style" value="XY plot"/>
4819        <control name="confItem" value="0"/>
4820        <control name="confAxis" value="Y"/>
4821        <plotaxis name="xaxis">
4822          <control name="log" value="linear"/>
4823          <control name="autoscale" value="true"/>
4824          <control name="label" value="Vessel Wall Ca2+ Concentration, nM"/>
4825          <control name="showLabel" value="true"/>
4826          <control name="min" value="0"/>
4827          <control name="max" value="1"/>
4828        </plotaxis>
4829        <plotaxis name="yaxis">
4830          <control name="log" value="linear"/>
4831          <control name="autoscale" value="true"/>
4832          <control name="label" value="VSM Activation, A"/>
4833          <control name="showLabel" value="true"/>
4834          <control name="min" value="0"/>
4835          <control name="max" value="1"/>
4836        </plotaxis>
4837        <plotaxis name="zaxis">
4838          <control name="log" value="linear"/>
4839          <control name="autoscale" value="true"/>
4840          <control name="label" value="axis label"/>
4841          <control name="showLabel" value="true"/>
4842          <control name="min" value="0"/>
4843          <control name="max" value="1"/>
4844        </plotaxis>
4845        <plotitem name="item0">
4846          <control name="src" value="A_Tact_Ca_Fit"/>
4847          <control name="expr" value="A"/>
4848          <control name="color" value="black"/>
4849          <control name="size" value="small"/>
4850          <control name="shape" value="circle"/>
4851          <control name="line" value="solid"/>
4852          <control name="thickness" value="medium"/>
4853          <control name="colorMap" value="none"/>
4854          <control name="palette" value="heat"/>
4855          <control name="show" value="true"/>
4856          <control name="xExpr" value=""/>
4857          <control name="yExpr" value=""/>
4858        </plotitem>
4859        <plotitem name="item1">
4860          <control name="src" value="A_vs_Ca"/>
4861          <control name="expr" value="A"/>
4862          <control name="color" value="red"/>
4863          <control name="size" value="small"/>
4864          <control name="shape" value="circle"/>
4865          <control name="line" value="solid"/>
4866          <control name="thickness" value="medium"/>
4867          <control name="colorMap" value="none"/>
4868          <control name="palette" value="heat"/>
4869          <control name="show" value="true"/>
4870          <control name="xExpr" value=""/>
4871          <control name="yExpr" value=""/>
4872        </plotitem>
4873      </plot>
4874      <plot name="plot1">
4875        <control name="nItems" value="2"/>
4876        <control name="title" value="[Title]"/>
4877        <control name="titleX" value="0.5"/>
4878        <control name="titleY" value="1"/>
4879        <control name="footer" value="%TIME"/>
4880        <control name="footerX" value="0"/>
4881        <control name="footerY" value="0"/>
4882        <control name="showLegend" value="true"/>
4883        <control name="showTitle" value="true"/>
4884        <control name="showFooter" value="true"/>
4885        <control name="legendX" value="0.87179487"/>
4886        <control name="legendY" value="0.57563025"/>
4887        <control name="style" value="XY plot"/>
4888        <control name="confItem" value="1"/>
4889        <control name="confAxis" value="Y"/>
4890        <plotaxis name="xaxis">
4891          <control name="log" value="linear"/>
4892          <control name="autoscale" value="true"/>
4893          <control name="label" value="axis label"/>
4894          <control name="showLabel" value="true"/>
4895          <control name="min" value="0"/>
4896          <control name="max" value="1"/>
4897        </plotaxis>
4898        <plotaxis name="yaxis">
4899          <control name="log" value="linear"/>
4900          <control name="autoscale" value="true"/>
4901          <control name="label" value="axis label"/>
4902          <control name="showLabel" value="true"/>
4903          <control name="min" value="0"/>
4904          <control name="max" value="1"/>
4905        </plotaxis>
4906        <plotaxis name="zaxis">
4907          <control name="log" value="linear"/>
4908          <control name="autoscale" value="true"/>
4909          <control name="label" value="axis label"/>
4910          <control name="showLabel" value="true"/>
4911          <control name="min" value="0"/>
4912          <control name="max" value="1"/>
4913        </plotaxis>
4914        <plotitem name="item0">
4915          <control name="src" value="Tact_vs_Ca"/>
4916          <control name="expr" value="Tact"/>
4917          <control name="color" value="black"/>
4918          <control name="size" value="small"/>
4919          <control name="shape" value="none"/>
4920          <control name="line" value="solid"/>
4921          <control name="thickness" value="medium"/>
4922          <control name="colorMap" value="none"/>
4923          <control name="palette" value="heat"/>
4924          <control name="show" value="true"/>
4925          <control name="xExpr" value=""/>
4926          <control name="yExpr" value=""/>
4927        </plotitem>
4928        <plotitem name="item1">
4929          <control name="src" value="A_Tact_Ca_Fit"/>
4930          <control name="expr" value="Tact"/>
4931          <control name="color" value="red"/>
4932          <control name="size" value="small"/>
4933          <control name="shape" value="circle"/>
4934          <control name="line" value="solid"/>
4935          <control name="thickness" value="medium"/>
4936          <control name="colorMap" value="none"/>
4937          <control name="palette" value="heat"/>
4938          <control name="show" value="true"/>
4939          <control name="xExpr" value=""/>
4940          <control name="yExpr" value=""/>
4941        </plotitem>
4942      </plot>
4943    </plotpage>
4944    <parset name="SPRK_R1_1.6_6July2007">
4945      <vars name="vars">
4946                                        <solver name="solver">
4947                                                  <control name="ode_which" value="CVode"/>
4948
4949
4950
4951
4952                                                  <control name="ode_Dopri5_reltol" value="1E-7"/>
4953
4954
4955
4956
4957                                                  <control name="ode_Dopri5_abstol" value="1E-7"/>
4958
4959
4960
4961
4962                                                  <control name="ode_Dopri5_nstep" value="100000"/>
4963
4964
4965
4966
4967                                                  <control name="ode_Dopri5_stiff" value="1000"/>
4968
4969
4970
4971
4972                                                  <control name="ode_Dopri5_round" value="2.3E-16"/>
4973
4974
4975
4976
4977                                                  <control name="ode_Dopri5_safety" value="0.9"/>
4978
4979
4980
4981
4982                                                  <control name="ode_Dopri5_loselect" value="0.2"/>
4983
4984
4985
4986
4987                                                  <control name="ode_Dopri5_hiselect" value="10"/>
4988
4989
4990
4991
4992                                                  <control name="ode_Dopri5_beta" value="0.04"/>
4993
4994
4995
4996
4997                                                  <control name="ode_Euler_nstep" value="2"/>
4998
4999
5000
5001
5002                                                  <control name="ode_Fehlberg_minstep" value="1E-4"/>
5003
5004
5005
5006
5007                                                  <control name="ode_Fehlberg_maxstep" value="0.1"/>
5008
5009
5010
5011
5012                                                  <control name="ode_Fehlberg_tol" value="1E-6"/>
5013
5014
5015
5016
5017                                                  <control name="ode_KM_minstep" value="1E-4"/>
5018
5019
5020
5021
5022                                                  <control name="ode_KM_maxstep" value="0.1"/>
5023
5024
5025
5026
5027                                                  <control name="ode_KM_tol" value="1E-6"/>
5028
5029
5030
5031
5032                                                  <control name="ode_Radau_reltol" value="1E-4"/>
5033
5034
5035
5036
5037                                                  <control name="ode_Radau_abstol" value="1E-7"/>
5038
5039
5040
5041
5042                                                  <control name="ode_Radau_nstep" value="100000"/>
5043
5044
5045
5046
5047                                                  <control name="ode_Radau_round" value="1E-16"/>
5048
5049
5050
5051
5052                                                  <control name="ode_Radau_safety" value="0.9"/>
5053
5054
5055
5056
5057                                                  <control name="ode_Radau_minord" value="3"/>
5058
5059
5060
5061
5062                                                  <control name="ode_Radau_maxord" value="7"/>
5063
5064
5065
5066
5067                                                  <control name="ode_Radau_initord" value="3"/>
5068
5069
5070
5071
5072                                                  <control name="ode_Radau_newton" value="7"/>
5073
5074
5075
5076
5077                                                  <control name="ode_Radau_jacob" value="0.001"/>
5078
5079
5080
5081
5082                                                  <control name="ode_Radau_losize" value="1"/>
5083
5084
5085
5086
5087                                                  <control name="ode_Radau_hisize" value="1.2"/>
5088
5089
5090
5091
5092                                                  <control name="ode_Radau_loselect" value="0.2"/>
5093
5094
5095
5096
5097                                                  <control name="ode_Radau_hiselect" value="8"/>
5098
5099
5100
5101
5102                                                  <control name="ode_Radau_locontract" value="0.002"/>
5103
5104
5105
5106
5107                                                  <control name="ode_Radau_hicontract" value="0.8"/>
5108
5109
5110
5111
5112                                                  <control name="ode_Radau_hiorder" value="1.2"/>
5113
5114
5115
5116
5117                                                  <control name="ode_Radau_loorder" value="0.8"/>
5118
5119
5120
5121
5122                                                  <control name="ode_RK4_nstep" value="2"/>
5123
5124
5125
5126
5127                                                  <control name="ode_CVode_reltol" value="1E-7"/>
5128
5129
5130
5131
5132                                                  <control name="ode_CVode_abstol" value="1E-8"/>
5133
5134
5135
5136
5137                                                  <control name="ode_CVode_maxsteps" value="100000"/>
5138
5139
5140
5141
5142                                                  <control name="ode_CVode_stiff" value="false"/>
5143
5144
5145
5146
5147                                                  <control name="pde_which" value="LSFEA"/>
5148
5149
5150
5151
5152                                                  <control name="pde_MacCormack_FCT" value="false"/>
5153
5154
5155
5156
5157                                                  <control name="fzero_unbound" value="ggopt"/>
5158
5159
5160
5161
5162                                                  <control name="fzero_bound" value="simplex"/>
5163
5164
5165
5166
5167                                                  <control name="fzero_errtol" value="1E-6"/>
5168
5169
5170
5171
5172                                                  <control name="fzero_maxcalls" value="500"/>
5173
5174
5175
5176
5177                                                  <control name="fzero_maxiters" value="100"/>
5178
5179
5180
5181
5182                                                  <control name="fzero_eps" value="1E-6"/>
5183
5184
5185
5186
5187                                                  <control name="fzero_istep" value="0.01"/>
5188
5189
5190
5191
5192                                                  <control name="fzero_npoints" value="5"/>
5193
5194
5195
5196
5197        </solver>
5198
5199
5200
5201
5202                                        <function name="iCa_in_gen" type="funcGen">
5203                                                  <control name="desc" value=""/>
5204
5205
5206
5207
5208                                                  <control name="which" value="DataCurve"/>
5209
5210
5211
5212
5213                                                  <function name="Pulse1" type="Single pulse">
5214                                                            <control name="startTime" value="0"/>
5215
5216
5217
5218
5219                                                            <control name="duration" value="1"/>
5220
5221
5222
5223
5224                                                            <control name="amplitude" value="1"/>
5225
5226
5227
5228
5229                                                            <control name="offset" value="0"/>
5230
5231
5232
5233
5234                                                            <control name="timeToRepeat" value="10"/>
5235
5236
5237
5238
5239          </function>
5240
5241
5242
5243
5244                                                  <function name="Pulse2" type="Double pulse">
5245                                                            <control name="p1Start" value="0"/>
5246
5247
5248
5249
5250                                                            <control name="p1Duration" value="1"/>
5251
5252
5253
5254
5255                                                            <control name="p1Amplitude" value="1"/>
5256
5257
5258
5259
5260                                                            <control name="offset" value="0"/>
5261
5262
5263
5264
5265                                                            <control name="p1TimeToRepeat" value="10"/>
5266
5267
5268
5269
5270                                                            <control name="p2Start" value="1"/>
5271
5272
5273
5274
5275                                                            <control name="p2Duration" value="2"/>
5276
5277
5278
5279
5280                                                            <control name="p2Amplitude" value="2"/>
5281
5282
5283
5284
5285                                                            <control name="p2TimeToRepeat" value="0"/>
5286
5287
5288
5289
5290          </function>
5291
5292
5293
5294
5295                                                  <function name="Pulse3" type="Triple pulse">
5296                                                            <control name="p1Start" value="0"/>
5297
5298
5299
5300
5301                                                            <control name="p1Duration" value="1"/>
5302
5303
5304
5305
5306                                                            <control name="p1Amplitude" value="1"/>
5307
5308
5309
5310
5311                                                            <control name="offset" value="0"/>
5312
5313
5314
5315
5316                                                            <control name="p1TimeToRepeat" value="10"/>
5317
5318
5319
5320
5321                                                            <control name="p2Start" value="1"/>
5322
5323
5324
5325
5326                                                            <control name="p2Duration" value="2"/>
5327
5328
5329
5330
5331                                                            <control name="p2Amplitude" value="2"/>
5332
5333
5334
5335
5336                                                            <control name="p2TimeToRepeat" value="0"/>
5337
5338
5339
5340
5341                                                            <control name="p3Start" value="3"/>
5342
5343
5344
5345
5346                                                            <control name="p3Duration" value="3"/>
5347
5348
5349
5350
5351                                                            <control name="p3Amplitude" value="3"/>
5352
5353
5354
5355
5356                                                            <control name="p3TimeToRepeat" value="0"/>
5357
5358
5359
5360
5361          </function>
5362
5363
5364
5365
5366                                                  <function name="ExtendedPulse3" type="Extended Triple pulse">
5367                                                            <control name="offset" value="0"/>
5368
5369
5370
5371
5372                                                            <control name="timeToRepeat" value="3"/>
5373
5374
5375
5376
5377                                                            <control name="p1Start" value="0"/>
5378
5379
5380
5381
5382                                                            <control name="p1Duration" value="0.5"/>
5383
5384
5385
5386
5387                                                            <control name="p1Amplitude" value="1"/>
5388
5389
5390
5391
5392                                                            <control name="p1LoopCnt" value="1"/>
5393
5394
5395
5396
5397                                                            <control name="p1AmpIncr" value="0"/>
5398
5399
5400
5401
5402                                                            <control name="p2Start" value="1"/>
5403
5404
5405
5406
5407                                                            <control name="p2Duration" value="0.5"/>
5408
5409
5410
5411
5412                                                            <control name="p2Amplitude" value="2"/>
5413
5414
5415
5416
5417                                                            <control name="p2LoopCnt" value="3"/>
5418
5419
5420
5421
5422                                                            <control name="p2AmpIncr" value="0.5"/>
5423
5424
5425
5426
5427                                                            <control name="p3Start" value="2"/>
5428
5429
5430
5431
5432                                                            <control name="p3Duration" value="0.5"/>
5433
5434
5435
5436
5437                                                            <control name="p3Amplitude" value="3"/>
5438
5439
5440
5441
5442                                                            <control name="p3LoopCnt" value="0"/>
5443
5444
5445
5446
5447                                                            <control name="p3AmpIncr" value="0"/>
5448
5449
5450
5451
5452          </function>
5453
5454
5455
5456
5457                                                  <function name="Ramp" type="Ramp">
5458                                                            <control name="startTime" value="1"/>
5459
5460
5461
5462
5463                                                            <control name="duration" value="5"/>
5464
5465
5466
5467
5468                                                            <control name="amplitude" value="-1"/>
5469
5470
5471
5472
5473                                                            <control name="offset" value="1"/>
5474
5475
5476
5477
5478                                                            <control name="exponent" value="3"/>
5479
5480
5481
5482
5483                                                            <control name="timeToRepeat" value="10"/>
5484
5485
5486
5487
5488          </function>
5489
5490
5491
5492
5493                                                  <function name="SquareWaveTrain" type="Square-wave Train">
5494                                                            <control name="startTime" value="0"/>
5495
5496
5497
5498
5499                                                            <control name="duration" value="10"/>
5500
5501
5502
5503
5504                                                            <control name="amplitude" value="1"/>
5505
5506
5507
5508
5509                                                            <control name="offset" value="0"/>
5510
5511
5512
5513
5514                                                            <control name="shapeFactor" value="0.5"/>
5515
5516
5517
5518
5519                                                            <control name="phase" value="0"/>
5520
5521
5522
5523
5524                                                            <control name="period" value="5"/>
5525
5526
5527
5528
5529                                                            <control name="timeToRepeat" value="0"/>
5530
5531
5532
5533
5534          </function>
5535
5536
5537
5538
5539                                                  <function name="SawtoothTrain" type="Sawtooth Train">
5540                                                            <control name="startTime" value="0"/>
5541
5542
5543
5544
5545                                                            <control name="duration" value="10"/>
5546
5547
5548
5549
5550                                                            <control name="amplitude" value="1"/>
5551
5552
5553
5554
5555                                                            <control name="offset" value="0"/>
5556
5557
5558
5559
5560                                                            <control name="shapeFactor" value="0.5"/>
5561
5562
5563
5564
5565                                                            <control name="phase" value="0"/>
5566
5567
5568
5569
5570                                                            <control name="period" value="5"/>
5571
5572
5573
5574
5575                                                            <control name="timeToRepeat" value="0"/>
5576
5577
5578
5579
5580          </function>
5581
5582
5583
5584
5585                                                  <function name="SineTrain" type="Sine Train">
5586                                                            <control name="startTime" value="0"/>
5587
5588
5589
5590
5591                                                            <control name="duration" value="5"/>
5592
5593
5594
5595
5596                                                            <control name="amplitude" value="1"/>
5597
5598
5599
5600
5601                                                            <control name="offset" value="0"/>
5602
5603
5604
5605
5606                                                            <control name="phase" value="0"/>
5607
5608
5609
5610
5611                                                            <control name="period" value="5"/>
5612
5613
5614
5615
5616                                                            <control name="timeToRepeat" value="10"/>
5617
5618
5619
5620
5621          </function>
5622
5623
5624
5625
5626                                                  <function name="Exponential" type="Exponential">
5627                                                            <control name="area" value="1"/>
5628
5629
5630
5631
5632                                                            <control name="tMean" value="5"/>
5633
5634
5635
5636
5637                                                            <control name="RD" value="0.3"/>
5638
5639
5640
5641
5642                                                            <control name="frPeak" value="1E-6"/>
5643
5644
5645
5646
5647                                                            <control name="timeToRepeat" value="0"/>
5648
5649
5650
5651
5652          </function>
5653
5654
5655
5656
5657                                                  <function name="Gaussian" type="Gaussian">
5658                                                            <control name="area" value="1"/>
5659
5660
5661
5662
5663                                                            <control name="tMean" value="5"/>
5664
5665
5666
5667
5668                                                            <control name="RD" value="0.3"/>
5669
5670
5671
5672
5673                                                            <control name="frPeak" value="1E-6"/>
5674
5675
5676
5677
5678                                                            <control name="timeToRepeat" value="0"/>
5679
5680
5681
5682
5683          </function>
5684
5685
5686
5687
5688                                                  <function name="LagNormal" type="Lagged Normal Density">
5689                                                            <control name="area" value="1"/>
5690
5691
5692
5693
5694                                                            <control name="tMean" value="5"/>
5695
5696
5697
5698
5699                                                            <control name="RD" value="0.3"/>
5700
5701
5702
5703
5704                                                            <control name="skewn" value="1.3"/>
5705
5706
5707
5708
5709                                                            <control name="frPeak" value="1E-6"/>
5710
5711
5712
5713
5714                                                            <control name="upslope" value="Regular"/>
5715
5716
5717
5718
5719                                                            <control name="timeToRepeat" value="0"/>
5720
5721
5722
5723
5724          </function>
5725
5726
5727
5728
5729                                                  <function name="Longtail" type="Longtail">
5730                                                            <control name="area" value="1"/>
5731
5732
5733
5734
5735                                                            <control name="frArea" value="0.3"/>
5736
5737
5738
5739
5740                                                            <control name="tMean" value="5"/>
5741
5742
5743
5744
5745                                                            <control name="RD" value="0.3"/>
5746
5747
5748
5749
5750                                                            <control name="skewn" value="1.3"/>
5751
5752
5753
5754
5755                                                            <control name="frPeak" value="0.1"/>
5756
5757
5758
5759
5760                                                            <control name="upslope" value="Regular"/>
5761
5762
5763
5764
5765                                                            <control name="nexp" value="3"/>
5766
5767
5768
5769
5770                                                            <control name="rk1" value="1"/>
5771
5772
5773
5774
5775                                                            <control name="rk2" value="0.2"/>
5776
5777
5778
5779
5780                                                            <control name="rk3" value="0.04"/>
5781
5782
5783
5784
5785                                                            <control name="rk4" value="0.008"/>
5786
5787
5788
5789
5790                                                            <control name="scaleta" value="1"/>
5791
5792
5793
5794
5795                                                            <control name="timeToRepeat" value="0"/>
5796
5797
5798
5799
5800          </function>
5801
5802
5803
5804
5805                                                  <function name="GammaVar" type="Gamma Variate">
5806                                                            <control name="area" value="1"/>
5807
5808
5809
5810
5811                                                            <control name="tMean" value="5"/>
5812
5813
5814
5815
5816                                                            <control name="RD" value="0.3"/>
5817
5818
5819
5820
5821                                                            <control name="skewn" value="1.3"/>
5822
5823
5824
5825
5826                                                            <control name="frPeak" value="1E-6"/>
5827
5828
5829
5830
5831                                                            <control name="timeToRepeat" value="0"/>
5832
5833
5834
5835
5836          </function>
5837
5838
5839
5840
5841                                                  <function name="Poisson" type="Poisson-like">
5842                                                            <control name="area" value="1"/>
5843
5844
5845
5846
5847                                                            <control name="tMean" value="5"/>
5848
5849
5850
5851
5852                                                            <control name="RD" value="0.3"/>
5853
5854
5855
5856
5857                                                            <control name="frPeak" value="1E-6"/>
5858
5859
5860
5861
5862                                                            <control name="timeToRepeat" value="0"/>
5863
5864
5865
5866
5867          </function>
5868
5869
5870
5871
5872                                                  <function name="RandomWalk" type="Random Walk">
5873                                                            <control name="area" value="1"/>
5874
5875
5876
5877
5878                                                            <control name="tMean" value="5"/>
5879
5880
5881
5882
5883                                                            <control name="RD" value="0.3"/>
5884
5885
5886
5887
5888                                                            <control name="skewn" value="1"/>
5889
5890
5891
5892
5893                                                            <control name="frPeak" value="1E-6"/>
5894
5895
5896
5897
5898                                                            <control name="timeToRepeat" value="0"/>
5899
5900
5901
5902
5903          </function>
5904
5905
5906
5907
5908                                                  <function name="DataCurve" type="Data">
5909                                                            <control name="ndim" value="1"/>
5910
5911
5912
5913
5914                                                            <control name="dataSet" value=""/>
5915
5916
5917
5918
5919                                                            <control name="name" value="iCa_driver"/>
5920
5921
5922
5923
5924          </function>
5925
5926
5927
5928
5929                                                  <control name="domain0" value="t"/>
5930
5931
5932
5933
5934                                                  <control name="domain1" value=""/>
5935
5936
5937
5938
5939                                                  <control name="domain2" value=""/>
5940
5941
5942
5943
5944        </function>
5945
5946
5947
5948
5949                                        <assign name="vars">
5950                                                  <control name="t.min" value="0"/>
5951
5952
5953
5954
5955                                                  <control name="t.max" value="200"/>
5956
5957
5958
5959
5960                                                  <control name="t.delta" value="0.01"/>
5961
5962
5963
5964
5965                                                  <control name="R1" value="1"/>
5966
5967
5968
5969
5970                                                  <control name="R2" value="2"/>
5971
5972
5973
5974
5975                                                  <control name="Rcell" value="5"/>
5976
5977
5978
5979
5980                                                  <control name="Lcell" value="20"/>
5981
5982
5983
5984
5985                                                  <control name="CaInt_o" value="5E-8"/>
5986
5987
5988
5989
5990                                                  <control name="iCa" value="5E-12"/>
5991
5992
5993
5994
5995                                                  <control name="FCa" value="193000"/>
5996
5997
5998
5999
6000                                                  <control name="CaPump_Km" value="1E-6"/>
6001
6002
6003
6004
6005                                                  <control name="DCa" value="200"/>
6006
6007
6008
6009
6010                                                  <control name="BufTot" value="0.01"/>
6011
6012
6013
6014
6015                                                  <control name="Kon_Buf" value="5E6"/>
6016
6017
6018
6019
6020                                                  <control name="KoffBuf" value="1"/>
6021
6022
6023
6024
6025                                                  <control name="DBuf" value="0.1"/>
6026
6027
6028
6029
6030                                                  <control name="Num_CaChan" value="10"/>
6031
6032
6033
6034
6035                                                  <control name="Num_CaPump" value="10"/>
6036
6037
6038
6039
6040                                                  <control name="KCaA" value="0.04586948"/>
6041
6042
6043
6044
6045                                                  <control name="Ca50A" value="185.4871"/>
6046
6047
6048
6049
6050                                                  <control name="C1p" value="1.2927"/>
6051
6052
6053
6054
6055                                                  <control name="C2p" value="7.696"/>
6056
6057
6058
6059
6060                                                  <control name="Dp100" value="207.2358"/>
6061
6062
6063
6064
6065                                                  <control name="C1a" value="1.8849"/>
6066
6067
6068
6069
6070                                                  <control name="C2a" value="0.9101"/>
6071
6072
6073
6074
6075                                                  <control name="C3a" value="0.3742"/>
6076
6077
6078
6079
6080                                                  <control name="Partl" value="20"/>
6081
6082
6083
6084
6085                                                  <control name="mu" value="3"/>
6086
6087
6088
6089
6090                                                  <control name="Lartl" value="7.65366"/>
6091
6092
6093
6094
6095                                                  <control name="Nartl" value="678836"/>
6096
6097
6098
6099
6100        </assign>
6101
6102
6103
6104
6105      </vars>
6106      <control name="desc" value=""/>
6107      <control name="notes"></control>
6108    </parset>
6109    <parset name="SPRK_R1_1.6_10July2007">
6110      <vars name="vars">
6111                                <solver name="solver">
6112                                        <control name="ode_which" value="CVode"/>
6113
6114
6115
6116                                        <control name="ode_Dopri5_reltol" value="1E-7"/>
6117
6118
6119
6120                                        <control name="ode_Dopri5_abstol" value="1E-7"/>
6121
6122
6123
6124                                        <control name="ode_Dopri5_nstep" value="100000"/>
6125
6126
6127
6128                                        <control name="ode_Dopri5_stiff" value="1000"/>
6129
6130
6131
6132                                        <control name="ode_Dopri5_round" value="2.3E-16"/>
6133
6134
6135
6136                                        <control name="ode_Dopri5_safety" value="0.9"/>
6137
6138
6139
6140                                        <control name="ode_Dopri5_loselect" value="0.2"/>
6141
6142
6143
6144                                        <control name="ode_Dopri5_hiselect" value="10"/>
6145
6146
6147
6148                                        <control name="ode_Dopri5_beta" value="0.04"/>
6149
6150
6151
6152                                        <control name="ode_Euler_nstep" value="2"/>
6153
6154
6155
6156                                        <control name="ode_Fehlberg_minstep" value="1E-4"/>
6157
6158
6159
6160                                        <control name="ode_Fehlberg_maxstep" value="0.1"/>
6161
6162
6163
6164                                        <control name="ode_Fehlberg_tol" value="1E-6"/>
6165
6166
6167
6168                                        <control name="ode_KM_minstep" value="1E-4"/>
6169
6170
6171
6172                                        <control name="ode_KM_maxstep" value="0.1"/>
6173
6174
6175
6176                                        <control name="ode_KM_tol" value="1E-6"/>
6177
6178
6179
6180                                        <control name="ode_Radau_reltol" value="1E-4"/>
6181
6182
6183
6184                                        <control name="ode_Radau_abstol" value="1E-7"/>
6185
6186
6187
6188                                        <control name="ode_Radau_nstep" value="100000"/>
6189
6190
6191
6192                                        <control name="ode_Radau_round" value="1E-16"/>
6193
6194
6195
6196                                        <control name="ode_Radau_safety" value="0.9"/>
6197
6198
6199
6200                                        <control name="ode_Radau_minord" value="3"/>
6201
6202
6203
6204                                        <control name="ode_Radau_maxord" value="7"/>
6205
6206
6207
6208                                        <control name="ode_Radau_initord" value="3"/>
6209
6210
6211
6212                                        <control name="ode_Radau_newton" value="7"/>
6213
6214
6215
6216                                        <control name="ode_Radau_jacob" value="0.001"/>
6217
6218
6219
6220                                        <control name="ode_Radau_losize" value="1"/>
6221
6222
6223
6224                                        <control name="ode_Radau_hisize" value="1.2"/>
6225
6226
6227
6228                                        <control name="ode_Radau_loselect" value="0.2"/>
6229
6230
6231
6232                                        <control name="ode_Radau_hiselect" value="8"/>
6233
6234
6235
6236                                        <control name="ode_Radau_locontract" value="0.002"/>
6237
6238
6239
6240                                        <control name="ode_Radau_hicontract" value="0.8"/>
6241
6242
6243
6244                                        <control name="ode_Radau_hiorder" value="1.2"/>
6245
6246
6247
6248                                        <control name="ode_Radau_loorder" value="0.8"/>
6249
6250
6251
6252                                        <control name="ode_RK4_nstep" value="2"/>
6253
6254
6255
6256                                        <control name="ode_CVode_reltol" value="1E-7"/>
6257
6258
6259
6260                                        <control name="ode_CVode_abstol" value="1E-8"/>
6261
6262
6263
6264                                        <control name="ode_CVode_maxsteps" value="100000"/>
6265
6266
6267
6268                                        <control name="ode_CVode_stiff" value="false"/>
6269
6270
6271
6272                                        <control name="pde_which" value="LSFEA"/>
6273
6274
6275
6276                                        <control name="pde_MacCormack_FCT" value="false"/>
6277
6278
6279
6280                                        <control name="fzero_unbound" value="ggopt"/>
6281
6282
6283
6284                                        <control name="fzero_bound" value="simplex"/>
6285
6286
6287
6288                                        <control name="fzero_errtol" value="1E-6"/>
6289
6290
6291
6292                                        <control name="fzero_maxcalls" value="500"/>
6293
6294
6295
6296                                        <control name="fzero_maxiters" value="100"/>
6297
6298
6299
6300                                        <control name="fzero_eps" value="1E-6"/>
6301
6302
6303
6304                                        <control name="fzero_istep" value="0.01"/>
6305
6306
6307
6308                                        <control name="fzero_npoints" value="5"/>
6309
6310
6311
6312        </solver>
6313
6314
6315
6316                                <function name="iCa_in_gen" type="funcGen">
6317                                        <control name="desc" value=""/>
6318
6319
6320
6321                                        <control name="which" value="DataCurve"/>
6322
6323
6324
6325                                        <function name="Pulse1" type="Single pulse">
6326                                                <control name="startTime" value="0"/>
6327
6328
6329
6330                                                <control name="duration" value="1"/>
6331
6332
6333
6334                                                <control name="amplitude" value="1"/>
6335
6336
6337
6338                                                <control name="offset" value="0"/>
6339
6340
6341
6342                                                <control name="timeToRepeat" value="10"/>
6343
6344
6345
6346          </function>
6347
6348
6349
6350                                        <function name="Pulse2" type="Double pulse">
6351                                                <control name="p1Start" value="0"/>
6352
6353
6354
6355                                                <control name="p1Duration" value="1"/>
6356
6357
6358
6359                                                <control name="p1Amplitude" value="1"/>
6360
6361
6362
6363                                                <control name="offset" value="0"/>
6364
6365
6366
6367                                                <control name="p1TimeToRepeat" value="10"/>
6368
6369
6370
6371                                                <control name="p2Start" value="1"/>
6372
6373
6374
6375                                                <control name="p2Duration" value="2"/>
6376
6377
6378
6379                                                <control name="p2Amplitude" value="2"/>
6380
6381
6382
6383                                                <control name="p2TimeToRepeat" value="0"/>
6384
6385
6386
6387          </function>
6388
6389
6390
6391                                        <function name="Pulse3" type="Triple pulse">
6392                                                <control name="p1Start" value="0"/>
6393
6394
6395
6396                                                <control name="p1Duration" value="1"/>
6397
6398
6399
6400                                                <control name="p1Amplitude" value="1"/>
6401
6402
6403
6404                                                <control name="offset" value="0"/>
6405
6406
6407
6408                                                <control name="p1TimeToRepeat" value="10"/>
6409
6410
6411
6412                                                <control name="p2Start" value="1"/>
6413
6414
6415
6416                                                <control name="p2Duration" value="2"/>
6417
6418
6419
6420                                                <control name="p2Amplitude" value="2"/>
6421
6422
6423
6424                                                <control name="p2TimeToRepeat" value="0"/>
6425
6426
6427
6428                                                <control name="p3Start" value="3"/>
6429
6430
6431
6432                                                <control name="p3Duration" value="3"/>
6433
6434
6435
6436                                                <control name="p3Amplitude" value="3"/>
6437
6438
6439
6440                                                <control name="p3TimeToRepeat" value="0"/>
6441
6442
6443
6444          </function>
6445
6446
6447
6448                                        <function name="ExtendedPulse3" type="Extended Triple pulse">
6449                                                <control name="offset" value="0"/>
6450
6451
6452
6453                                                <control name="timeToRepeat" value="3"/>
6454
6455
6456
6457                                                <control name="p1Start" value="0"/>
6458
6459
6460
6461                                                <control name="p1Duration" value="0.5"/>
6462
6463
6464
6465                                                <control name="p1Amplitude" value="1"/>
6466
6467
6468
6469                                                <control name="p1LoopCnt" value="1"/>
6470
6471
6472
6473                                                <control name="p1AmpIncr" value="0"/>
6474
6475
6476
6477                                                <control name="p2Start" value="1"/>
6478
6479
6480
6481                                                <control name="p2Duration" value="0.5"/>
6482
6483
6484
6485                                                <control name="p2Amplitude" value="2"/>
6486
6487
6488
6489                                                <control name="p2LoopCnt" value="3"/>
6490
6491
6492
6493                                                <control name="p2AmpIncr" value="0.5"/>
6494
6495
6496
6497                                                <control name="p3Start" value="2"/>
6498
6499
6500
6501                                                <control name="p3Duration" value="0.5"/>
6502
6503
6504
6505                                                <control name="p3Amplitude" value="3"/>
6506
6507
6508
6509                                                <control name="p3LoopCnt" value="0"/>
6510
6511
6512
6513                                                <control name="p3AmpIncr" value="0"/>
6514
6515
6516
6517          </function>
6518
6519
6520
6521                                        <function name="Ramp" type="Ramp">
6522                                                <control name="startTime" value="1"/>
6523
6524
6525
6526                                                <control name="duration" value="5"/>
6527
6528
6529
6530                                                <control name="amplitude" value="-1"/>
6531
6532
6533
6534                                                <control name="offset" value="1"/>
6535
6536
6537
6538                                                <control name="exponent" value="3"/>
6539
6540
6541
6542                                                <control name="timeToRepeat" value="10"/>
6543
6544
6545
6546          </function>
6547
6548
6549
6550                                        <function name="SquareWaveTrain" type="Square-wave Train">
6551                                                <control name="startTime" value="0"/>
6552
6553
6554
6555                                                <control name="duration" value="10"/>
6556
6557
6558
6559                                                <control name="amplitude" value="1"/>
6560
6561
6562
6563                                                <control name="offset" value="0"/>
6564
6565
6566
6567                                                <control name="shapeFactor" value="0.5"/>
6568
6569
6570
6571                                                <control name="phase" value="0"/>
6572
6573
6574
6575                                                <control name="period" value="5"/>
6576
6577
6578
6579                                                <control name="timeToRepeat" value="0"/>
6580
6581
6582
6583          </function>
6584
6585
6586
6587                                        <function name="SawtoothTrain" type="Sawtooth Train">
6588                                                <control name="startTime" value="0"/>
6589
6590
6591
6592                                                <control name="duration" value="10"/>
6593
6594
6595
6596                                                <control name="amplitude" value="1"/>
6597
6598
6599
6600                                                <control name="offset" value="0"/>
6601
6602
6603
6604                                                <control name="shapeFactor" value="0.5"/>
6605
6606
6607
6608                                                <control name="phase" value="0"/>
6609
6610
6611
6612                                                <control name="period" value="5"/>
6613
6614
6615
6616                                                <control name="timeToRepeat" value="0"/>
6617
6618
6619
6620          </function>
6621
6622
6623
6624                                        <function name="SineTrain" type="Sine Train">
6625                                                <control name="startTime" value="0"/>
6626
6627
6628
6629                                                <control name="duration" value="5"/>
6630
6631
6632
6633                                                <control name="amplitude" value="1"/>
6634
6635
6636
6637                                                <control name="offset" value="0"/>
6638
6639
6640
6641                                                <control name="phase" value="0"/>
6642
6643
6644
6645                                                <control name="period" value="5"/>
6646
6647
6648
6649                                                <control name="timeToRepeat" value="10"/>
6650
6651
6652
6653          </function>
6654
6655
6656
6657                                        <function name="Exponential" type="Exponential">
6658                                                <control name="area" value="1"/>
6659
6660
6661
6662                                                <control name="tMean" value="5"/>
6663
6664
6665
6666                                                <control name="RD" value="0.3"/>
6667
6668
6669
6670                                                <control name="frPeak" value="1E-6"/>
6671
6672
6673
6674                                                <control name="timeToRepeat" value="0"/>
6675
6676
6677
6678          </function>
6679
6680
6681
6682                                        <function name="Gaussian" type="Gaussian">
6683                                                <control name="area" value="1"/>
6684
6685
6686
6687                                                <control name="tMean" value="5"/>
6688
6689
6690
6691                                                <control name="RD" value="0.3"/>
6692
6693
6694
6695                                                <control name="frPeak" value="1E-6"/>
6696
6697
6698
6699                                                <control name="timeToRepeat" value="0"/>
6700
6701
6702
6703          </function>
6704
6705
6706
6707                                        <function name="LagNormal" type="Lagged Normal Density">
6708                                                <control name="area" value="1"/>
6709
6710
6711
6712                                                <control name="tMean" value="5"/>
6713
6714
6715
6716                                                <control name="RD" value="0.3"/>
6717
6718
6719
6720                                                <control name="skewn" value="1.3"/>
6721
6722
6723
6724                                                <control name="frPeak" value="1E-6"/>
6725
6726
6727
6728                                                <control name="upslope" value="Regular"/>
6729
6730
6731
6732                                                <control name="timeToRepeat" value="0"/>
6733
6734
6735
6736          </function>
6737
6738
6739
6740                                        <function name="Longtail" type="Longtail">
6741                                                <control name="area" value="1"/>
6742
6743
6744
6745                                                <control name="frArea" value="0.3"/>
6746
6747
6748
6749                                                <control name="tMean" value="5"/>
6750
6751
6752
6753                                                <control name="RD" value="0.3"/>
6754
6755
6756
6757                                                <control name="skewn" value="1.3"/>
6758
6759
6760
6761                                                <control name="frPeak" value="0.1"/>
6762
6763
6764
6765                                                <control name="upslope" value="Regular"/>
6766
6767
6768
6769                                                <control name="nexp" value="3"/>
6770
6771
6772
6773                                                <control name="rk1" value="1"/>
6774
6775
6776
6777                                                <control name="rk2" value="0.2"/>
6778
6779
6780
6781                                                <control name="rk3" value="0.04"/>
6782
6783
6784
6785                                                <control name="rk4" value="0.008"/>
6786
6787
6788
6789                                                <control name="scaleta" value="1"/>
6790
6791
6792
6793                                                <control name="timeToRepeat" value="0"/>
6794
6795
6796
6797          </function>
6798
6799
6800
6801                                        <function name="GammaVar" type="Gamma Variate">
6802                                                <control name="area" value="1"/>
6803
6804
6805
6806                                                <control name="tMean" value="5"/>
6807
6808
6809
6810                                                <control name="RD" value="0.3"/>
6811
6812
6813
6814                                                <control name="skewn" value="1.3"/>
6815
6816
6817
6818                                                <control name="frPeak" value="1E-6"/>
6819
6820
6821
6822                                                <control name="timeToRepeat" value="0"/>
6823
6824
6825
6826          </function>
6827
6828
6829
6830                                        <function name="Poisson" type="Poisson-like">
6831                                                <control name="area" value="1"/>
6832
6833
6834
6835                                                <control name="tMean" value="5"/>
6836
6837
6838
6839                                                <control name="RD" value="0.3"/>
6840
6841
6842
6843                                                <control name="frPeak" value="1E-6"/>
6844
6845
6846
6847                                                <control name="timeToRepeat" value="0"/>
6848
6849
6850
6851          </function>
6852
6853
6854
6855                                        <function name="RandomWalk" type="Random Walk">
6856                                                <control name="area" value="1"/>
6857
6858
6859
6860                                                <control name="tMean" value="5"/>
6861
6862
6863
6864                                                <control name="RD" value="0.3"/>
6865
6866
6867
6868                                                <control name="skewn" value="1"/>
6869
6870
6871
6872                                                <control name="frPeak" value="1E-6"/>
6873
6874
6875
6876                                                <control name="timeToRepeat" value="0"/>
6877
6878
6879
6880          </function>
6881
6882
6883
6884                                        <function name="DataCurve" type="Data">
6885                                                <control name="ndim" value="1"/>
6886
6887
6888
6889                                                <control name="dataSet" value=""/>
6890
6891
6892
6893                                                <control name="name" value="iCa_driver"/>
6894
6895
6896
6897          </function>
6898
6899
6900
6901                                        <control name="domain0" value="t"/>
6902
6903
6904
6905                                        <control name="domain1" value=""/>
6906
6907
6908
6909                                        <control name="domain2" value=""/>
6910
6911
6912
6913        </function>
6914
6915
6916
6917                                <assign name="vars">
6918                                        <control name="t.min" value="0"/>
6919
6920
6921
6922                                        <control name="t.max" value="200"/>
6923
6924
6925
6926                                        <control name="t.delta" value="0.01"/>
6927
6928
6929
6930                                        <control name="R1" value="1"/>
6931
6932
6933
6934                                        <control name="R2" value="2"/>
6935
6936
6937
6938                                        <control name="Rcell" value="5"/>
6939
6940
6941
6942                                        <control name="Lcell" value="20"/>
6943
6944
6945
6946                                        <control name="iCa" value="5E-12"/>
6947
6948
6949
6950                                        <control name="FCa" value="193000"/>
6951
6952
6953
6954                                        <control name="CaPump_Km" value="4.8E-8"/>
6955
6956
6957
6958                                        <control name="DCa" value="200"/>
6959
6960
6961
6962                                        <control name="BufTot" value="0.01"/>
6963
6964
6965
6966                                        <control name="Kon_Buf" value="5E6"/>
6967
6968
6969
6970                                        <control name="KoffBuf" value="1"/>
6971
6972
6973
6974                                        <control name="DBuf" value="0.1"/>
6975
6976
6977
6978                                        <control name="Num_CaChan" value="10"/>
6979
6980
6981
6982                                        <control name="Num_CaPump" value="10"/>
6983
6984
6985
6986                                        <control name="KCaA" value="0.04596472"/>
6987
6988
6989
6990                                        <control name="Ca50A" value="185.46784808"/>
6991
6992
6993
6994                                        <control name="C1p" value="1.2927"/>
6995
6996
6997
6998                                        <control name="C2p" value="7.696"/>
6999
7000
7001
7002                                        <control name="Dp100" value="207.2358"/>
7003
7004
7005
7006                                        <control name="C1a" value="1.8849"/>
7007
7008
7009
7010                                        <control name="C2a" value="0.9101"/>
7011
7012
7013
7014                                        <control name="C3a" value="0.3742"/>
7015
7016
7017
7018                                        <control name="Partl" value="57.5"/>
7019
7020
7021
7022                                        <control name="mu" value="3"/>
7023
7024
7025
7026                                        <control name="Lartl" value="8.32127785"/>
7027
7028
7029
7030                                        <control name="Nartl" value="574341.92"/>
7031
7032
7033
7034                                        <control name="Ca1__init" value="2.4577933E-5"/>
7035
7036
7037
7038                                        <control name="Ca2__init" value="4.1594875E-6"/>
7039
7040
7041
7042                                        <control name="Ca3__init" value="1.850403E-7"/>
7043
7044
7045
7046                                        <control name="Buf1__init" value="8.16917E-5"/>
7047
7048
7049
7050                                        <control name="CaBuf1__init" value="0.00992058"/>
7051
7052
7053
7054                                        <control name="Buf2__init" value="4.7665029E-4"/>
7055
7056
7057
7058                                        <control name="CaBuf2__init" value="0.00952562"/>
7059
7060
7061
7062                                        <control name="Buf3__init" value="0.00519479"/>
7063
7064
7065
7066                                        <control name="CaBuf3__init" value="0.00480748"/>
7067
7068
7069
7070        </assign>
7071
7072
7073
7074      </vars>
7075      <control name="desc" value=""/>
7076      <control name="notes"></control>
7077    </parset>
7078    <plotpage name="plotpage_2">
7079      <control name="confPlot" value="0"/>
7080      <control name="nRow" value="1"/>
7081      <control name="nCol" value="1"/>
7082      <control name="liveUpdate" value="false"/>
7083      <control name="showConf" value="true"/>
7084      <control name="showXRule" value="false"/>
7085      <control name="xRule" value="0.5"/>
7086      <control name="showYRule" value="false"/>
7087      <control name="yRule" value="0.5"/>
7088      <control name="showMinMaxSliders" value="false"/>
7089      <control name="animeDuration" value="10"/>
7090      <control name="animeRate" value="10"/>
7091      <control name="animeLoop" value="false"/>
7092      <control name="animeDir" value="true"/>
7093      <plot name="plot0">
7094        <control name="nItems" value="1"/>
7095        <control name="title" value="[Title]"/>
7096        <control name="titleX" value="0.5"/>
7097        <control name="titleY" value="1"/>
7098        <control name="footer" value="%TIME"/>
7099        <control name="footerX" value="0"/>
7100        <control name="footerY" value="0"/>
7101        <control name="showLegend" value="true"/>
7102        <control name="showTitle" value="true"/>
7103        <control name="showFooter" value="true"/>
7104        <control name="legendX" value="1"/>
7105        <control name="legendY" value="1"/>
7106        <control name="style" value="XY plot"/>
7107        <control name="confItem" value="0"/>
7108        <control name="confAxis" value="Y"/>
7109        <plotaxis name="xaxis">
7110          <control name="log" value="linear"/>
7111          <control name="autoscale" value="true"/>
7112          <control name="label" value="axis label"/>
7113          <control name="showLabel" value="true"/>
7114          <control name="min" value="0"/>
7115          <control name="max" value="1"/>
7116        </plotaxis>
7117        <plotaxis name="yaxis">
7118          <control name="log" value="linear"/>
7119          <control name="autoscale" value="true"/>
7120          <control name="label" value="axis label"/>
7121          <control name="showLabel" value="true"/>
7122          <control name="min" value="0"/>
7123          <control name="max" value="1"/>
7124        </plotaxis>
7125        <plotaxis name="zaxis">
7126          <control name="log" value="linear"/>
7127          <control name="autoscale" value="true"/>
7128          <control name="label" value="axis label"/>
7129          <control name="showLabel" value="true"/>
7130          <control name="min" value="0"/>
7131          <control name="max" value="1"/>
7132        </plotaxis>
7133        <plotitem name="item0">
7134          <control name="src" value="Vessel_Resist_Ca"/>
7135          <control name="expr" value="Jm_CaPump"/>
7136          <control name="color" value="black"/>
7137          <control name="size" value="small"/>
7138          <control name="shape" value="none"/>
7139          <control name="line" value="solid"/>
7140          <control name="thickness" value="medium"/>
7141          <control name="colorMap" value="none"/>
7142          <control name="palette" value="heat"/>
7143          <control name="show" value="true"/>
7144          <control name="xExpr" value="Ca3"/>
7145          <control name="yExpr" value=""/>
7146        </plotitem>
7147      </plot>
7148    </plotpage>
7149    <plotpage name="plotpage_1">
7150      <control name="confPlot" value="0"/>
7151      <control name="nRow" value="1"/>
7152      <control name="nCol" value="1"/>
7153      <control name="liveUpdate" value="true"/>
7154      <control name="showConf" value="true"/>
7155      <control name="showXRule" value="false"/>
7156      <control name="xRule" value="0.5"/>
7157      <control name="showYRule" value="false"/>
7158      <control name="yRule" value="0.5"/>
7159      <control name="showMinMaxSliders" value="false"/>
7160      <control name="animeDuration" value="10"/>
7161      <control name="animeRate" value="10"/>
7162      <control name="animeLoop" value="false"/>
7163      <control name="animeDir" value="true"/>
7164      <plot name="plot0">
7165        <control name="nItems" value="3"/>
7166        <control name="title" value="[Title]"/>
7167        <control name="titleX" value="0.5"/>
7168        <control name="titleY" value="1"/>
7169        <control name="footer" value="%TIME"/>
7170        <control name="footerX" value="0"/>
7171        <control name="footerY" value="0"/>
7172        <control name="showLegend" value="true"/>
7173        <control name="showTitle" value="true"/>
7174        <control name="showFooter" value="true"/>
7175        <control name="legendX" value="0.93239437"/>
7176        <control name="legendY" value="0.91827637"/>
7177        <control name="style" value="XY plot"/>
7178        <control name="confItem" value="1"/>
7179        <control name="confAxis" value="Y"/>
7180        <plotaxis name="xaxis">
7181          <control name="log" value="linear"/>
7182          <control name="autoscale" value="true"/>
7183          <control name="label" value="axis label"/>
7184          <control name="showLabel" value="true"/>
7185          <control name="min" value="0"/>
7186          <control name="max" value="1"/>
7187        </plotaxis>
7188        <plotaxis name="yaxis">
7189          <control name="log" value="linear"/>
7190          <control name="autoscale" value="true"/>
7191          <control name="label" value="axis label"/>
7192          <control name="showLabel" value="true"/>
7193          <control name="min" value="0"/>
7194          <control name="max" value="1"/>
7195        </plotaxis>
7196        <plotaxis name="zaxis">
7197          <control name="log" value="linear"/>
7198          <control name="autoscale" value="true"/>
7199          <control name="label" value="axis label"/>
7200          <control name="showLabel" value="true"/>
7201          <control name="min" value="0"/>
7202          <control name="max" value="1"/>
7203        </plotaxis>
7204        <plotitem name="item0">
7205          <control name="src" value="Vessel_Resist_Ca"/>
7206          <control name="expr" value="Ca1"/>
7207          <control name="color" value="black"/>
7208          <control name="size" value="small"/>
7209          <control name="shape" value="circle"/>
7210          <control name="line" value="solid"/>
7211          <control name="thickness" value="medium"/>
7212          <control name="colorMap" value="none"/>
7213          <control name="palette" value="heat"/>
7214          <control name="show" value="false"/>
7215          <control name="xExpr" value=""/>
7216          <control name="yExpr" value=""/>
7217        </plotitem>
7218        <plotitem name="item1">
7219          <control name="src" value="Vessel_Resist_Ca"/>
7220          <control name="expr" value="Ca2"/>
7221          <control name="color" value="red"/>
7222          <control name="size" value="small"/>
7223          <control name="shape" value="none"/>
7224          <control name="line" value="solid"/>
7225          <control name="thickness" value="medium"/>
7226          <control name="colorMap" value="none"/>
7227          <control name="palette" value="heat"/>
7228          <control name="show" value="false"/>
7229          <control name="xExpr" value=""/>
7230          <control name="yExpr" value=""/>
7231        </plotitem>
7232        <plotitem name="item2">
7233          <control name="src" value="Vessel_Resist_Ca"/>
7234          <control name="expr" value="Ca3"/>
7235          <control name="color" value="orange"/>
7236          <control name="size" value="small"/>
7237          <control name="shape" value="none"/>
7238          <control name="line" value="solid"/>
7239          <control name="thickness" value="medium"/>
7240          <control name="colorMap" value="none"/>
7241          <control name="palette" value="heat"/>
7242          <control name="show" value="true"/>
7243          <control name="xExpr" value=""/>
7244          <control name="yExpr" value=""/>
7245        </plotitem>
7246      </plot>
7247    </plotpage>
7248    <parset name="normalizedAvsCa_curvefit">
7249      <vars name="vars">
7250                                <solver name="solver">
7251                                        <control name="ode_which" value="Auto"/>
7252
7253
7254
7255                                        <control name="ode_Dopri5_reltol" value="1E-7"/>
7256
7257
7258
7259                                        <control name="ode_Dopri5_abstol" value="1E-7"/>
7260
7261
7262
7263                                        <control name="ode_Dopri5_nstep" value="100000"/>
7264
7265
7266
7267                                        <control name="ode_Dopri5_stiff" value="1000"/>
7268
7269
7270
7271                                        <control name="ode_Dopri5_round" value="2.3E-16"/>
7272
7273
7274
7275                                        <control name="ode_Dopri5_safety" value="0.9"/>
7276
7277
7278
7279                                        <control name="ode_Dopri5_loselect" value="0.2"/>
7280
7281
7282
7283                                        <control name="ode_Dopri5_hiselect" value="10"/>
7284
7285
7286
7287                                        <control name="ode_Dopri5_beta" value="0.04"/>
7288
7289
7290
7291                                        <control name="ode_Euler_nstep" value="2"/>
7292
7293
7294
7295                                        <control name="ode_Fehlberg_minstep" value="1E-4"/>
7296
7297
7298
7299                                        <control name="ode_Fehlberg_maxstep" value="0.1"/>
7300
7301
7302
7303                                        <control name="ode_Fehlberg_tol" value="1E-6"/>
7304
7305
7306
7307                                        <control name="ode_KM_minstep" value="1E-4"/>
7308
7309
7310
7311                                        <control name="ode_KM_maxstep" value="0.1"/>
7312
7313
7314
7315                                        <control name="ode_KM_tol" value="1E-6"/>
7316
7317
7318
7319                                        <control name="ode_Radau_reltol" value="1E-4"/>
7320
7321
7322
7323                                        <control name="ode_Radau_abstol" value="1E-7"/>
7324
7325
7326
7327                                        <control name="ode_Radau_nstep" value="100000"/>
7328
7329
7330
7331                                        <control name="ode_Radau_round" value="1E-16"/>
7332
7333
7334
7335                                        <control name="ode_Radau_safety" value="0.9"/>
7336
7337
7338
7339                                        <control name="ode_Radau_minord" value="3"/>
7340
7341
7342
7343                                        <control name="ode_Radau_maxord" value="7"/>
7344
7345
7346
7347                                        <control name="ode_Radau_initord" value="3"/>
7348
7349
7350
7351                                        <control name="ode_Radau_newton" value="7"/>
7352
7353
7354
7355                                        <control name="ode_Radau_jacob" value="0.001"/>
7356
7357
7358
7359                                        <control name="ode_Radau_losize" value="1"/>
7360
7361
7362
7363                                        <control name="ode_Radau_hisize" value="1.2"/>
7364
7365
7366
7367                                        <control name="ode_Radau_loselect" value="0.2"/>
7368
7369
7370
7371                                        <control name="ode_Radau_hiselect" value="8"/>
7372
7373
7374
7375                                        <control name="ode_Radau_locontract" value="0.002"/>
7376
7377
7378
7379                                        <control name="ode_Radau_hicontract" value="0.8"/>
7380
7381
7382
7383                                        <control name="ode_Radau_hiorder" value="1.2"/>
7384
7385
7386
7387                                        <control name="ode_Radau_loorder" value="0.8"/>
7388
7389
7390
7391                                        <control name="ode_RK4_nstep" value="2"/>
7392
7393
7394
7395                                        <control name="ode_CVode_reltol" value="1E-7"/>
7396
7397
7398
7399                                        <control name="ode_CVode_abstol" value="1E-8"/>
7400
7401
7402
7403                                        <control name="ode_CVode_maxsteps" value="100000"/>
7404
7405
7406
7407                                        <control name="ode_CVode_stiff" value="false"/>
7408
7409
7410
7411                                        <control name="pde_which" value="LSFEA"/>
7412
7413
7414
7415                                        <control name="pde_MacCormack_FCT" value="false"/>
7416
7417
7418
7419                                        <control name="fzero_unbound" value="ggopt"/>
7420
7421
7422
7423                                        <control name="fzero_bound" value="simplex"/>
7424
7425
7426
7427                                        <control name="fzero_errtol" value="1E-6"/>
7428
7429
7430
7431                                        <control name="fzero_maxcalls" value="500"/>
7432
7433
7434
7435                                        <control name="fzero_maxiters" value="100"/>
7436
7437
7438
7439                                        <control name="fzero_eps" value="1E-6"/>
7440
7441
7442
7443                                        <control name="fzero_istep" value="0.01"/>
7444
7445
7446
7447                                        <control name="fzero_npoints" value="5"/>
7448
7449
7450
7451        </solver>
7452
7453
7454
7455                                <assign name="vars">
7456                                        <control name="Ca.min" value="0"/>
7457
7458
7459
7460                                        <control name="Ca.max" value="400"/>
7461
7462
7463
7464                                        <control name="Ca.delta" value="1"/>
7465
7466
7467
7468                                        <control name="KCaA" value="0.04596472"/>
7469
7470
7471
7472                                        <control name="Ca50A" value="185.46784808"/>
7473
7474
7475
7476                                        <control name="KCaTact" value="0.03024562"/>
7477
7478
7479
7480                                        <control name="Ca50Tact" value="202.57827479"/>
7481
7482
7483
7484        </assign>
7485
7486
7487
7488      </vars>
7489      <control name="desc" value=""/>
7490      <control name="notes"></control>
7491    </parset>
7492  </project>
7493</JSim>